Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,208,587 | T→A | 18.4% | intergenic (‑24/+197) | ycgX ← / ← bluR | DUF1398 family protein/repressor of blue light‑responsive genes |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,208,587 | 0 | T | A | 18.4% | 743.9 / 149.5 | 288 | intergenic (‑24/+197) | ycgX/bluR | DUF1398 family protein/repressor of blue light‑responsive genes |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (151/84); new base A (39/14); total (190/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
TCCGTAGCCAGATAATAAATGTAATGTGCAATACGGTGATGTTTTAATTCTGAATAAAACCAGGAGAAGTTTTGCTCTTTTCTCACTTGCTCAAACATCTTTTGAAAAACAACGACCTGATCCATCAGGATAATAACCTCTTGTTAGTTGTGAGACTGCGTAGTGTGCACGATCGGTTTTACCACTTCAATCTGGTCTGTCCTTTGGCTGTGATATGTACAGAGTGTGATAGAGGGAATATCTGAATTCTCCCGGTGAGCATTTTGCAACGGACCAGCTCCGGTACAAACGCTGTTG > CP009273/1208439‑1208735 | tAGCCAGATAATAAATGTAATGTGCAATACGGTGATGTTTTAATTCTGAATAAAACCAGGAGAAGTTTTGCTCTTTTCTCACTTGCTCAAACATCTTTTGAAAAACAACGACCTGATCCATCAGGATAATAACCTCTTGTTAGTAGTga < 2:2519738/149‑1 (MQ=255) tAGCAATATAATAATTGTATTGTGAATTAGGTTGTTTTTTTATTTCTGAATAAAACCTGTATATGTTTTGCTATTTTCTCACTTGCTCAAACATTTTTTTAAAAACCACGACCTGATCCATCAGGATAATAACCTCTTGTTAGTTGTga < 1:4122739/149‑1 (MQ=255) aGCCAGATAATAAATGTAATGTGCAATACGGTGATGTTTTAATTCTGAATAAAACCAGGAGAAGTTTTGCTCTTTTCTCACTTGCTCAAACATCTTTTGAAAAACAACGACCTGATCCATCAGGATAATAACCTCTTGTTAGTTGTgag > 1:1559090/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |