| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,213,332 | G→T | 30.7% | M183I (ATG→ATT) | ycgG → | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,213,332 | 0 | G | T | 30.7% | 499.2 / 208.9 | 263 | M183I (ATG→ATT) | ycgG | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (86/96); new base T (40/41); total (126/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
GCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCTTTGGGATTTTAATATTTATTCTGTTAATCGCCT > CP009273/1213185‑1213480 | gCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGtgatga < 2:1517943/149‑1 (MQ=255) ctctATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGAc < 1:985561/149‑1 (MQ=255) ctctATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGAc < 1:985611/149‑1 (MQ=255) 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aCATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCTTTggg > 2:4532700/1‑149 (MQ=255) attattGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCTTTGGGAt < 2:3475053/149‑1 (MQ=255) attattGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCTTTGGGAt < 2:4065431/149‑1 (MQ=255) attattGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCTTTGGGAt > 2:1236209/1‑149 (MQ=255) ggACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCAGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCTTTGGGATTTTAat < 2:3882821/149‑1 (MQ=255) 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gtgattACGCTAAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCTTTGGGATTTTAATATTTATTCTGTTAAt < 1:3075109/149‑1 (MQ=255) gaCGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCTTTGGGATTTTAATATTTATTCTGTTAATCGCCt < 1:1151105/149‑1 (MQ=255) | GCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCTTTGGGATTTTAATATTTATTCTGTTAATCGCCT > CP009273/1213185‑1213480 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |