Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,235,606 | G→T | 6.2% | intergenic (+201/+185) | dadX → / ← cvrA | alanine racemase, catabolic, PLP‑binding/putative cation/proton antiporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,235,606 | 0 | G | T | 6.2% | 1108.9 / 29.6 | 290 | intergenic (+201/+185) | dadX/cvrA | alanine racemase, catabolic, PLP‑binding/putative cation/proton antiporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (125/147); new base T (10/8); total (135/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.26e-01 |
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
CATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCTTTACCCTTGATGGAGCCTGTACATAGATTTGTGTAATTGCCTGATTTTGATATGTTCAATTCAACATCAAATGAAGGTTAAATTATGGACGACAAACAATTGCAGGCTCAGGCTGCGTTC > CP009273/1235458‑1235751 | gTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACtt > 1:4295373/1‑149 (MQ=255) gTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACtt > 2:3454478/1‑149 (MQ=255) cAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCa < 1:1585310/149‑1 (MQ=255) 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gttAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCtt < 1:1800902/149‑1 (MQ=255) gttAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATGTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCtt < 1:4212183/149‑1 (MQ=255) ttAATGTGACAGAGCCATTGCCCTTGATAGTGTCCATTAAAAGGATTGACACTATTTCCCATGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTATACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCttt < 1:881170/149‑1 (MQ=255) aaTGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCTTTAc > 2:3499067/1‑149 (MQ=255) aaTGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCTTTAc < 1:4723816/149‑1 (MQ=255) 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ggACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCTTTACCCTTGATGGAGCCTGTACATAGATTTGTGTAATTGCCTGAtttt < 2:896889/149‑1 (MQ=255) gACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCTTTACCCTTGATGGAGCCTGTACATAGATTTGTGTAATTGCCTGATTTTg < 2:3427863/149‑1 (MQ=255) acacTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCTTTACCCTTGATGGAGCCTGTACATAGATTTGTGTAATTGCCTGATTTTGa < 2:4192921/149‑1 (MQ=255) cacTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCTTTACCCTTGATGGAGCCTGTACATAGATTTGTGTAATTGCCTGATTTTGat > 2:1264725/1‑149 (MQ=255) acTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCTTTACCCTTGATGGAGCCTGTACATAGATTTGTGTAATTGCCTGATTTTGata > 2:2627523/1‑149 (MQ=255) acTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCTTTACCCTTGATGGAGCCTGTACATAGATTTGTGTAATTGCCTGATTTTGata > 2:85804/1‑149 (MQ=255) acTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCTTTACCCTTGATGGAGCCTGTACATAGATTTGTGTAATTGCCTGATTTTGata > 2:2600729/1‑149 (MQ=255) acTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCTTTACCCTTGATGGAGCCTGTACATAGATTTGTGTAATTGCCTGATTTTGata < 1:3077064/149‑1 (MQ=255) acTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCTTTACCCTTGATGGAGCCTGTACATAGATTTGTGTAATTGCCTGATTTTGata < 1:1728246/149‑1 (MQ=255) acTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGCTTCATTGTTGACTCGAACTCGACTTCAGATAAATCACGCTTTACCCTTGATGGAGCCTGTACATAGATTTGTGTAATTGCCTGATTTTGata < 1:3598306/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |