Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,261,810 | G→A | 83.5% | A87A (GCG→GCA) | prmC → | N5‑glutamine methyltransferase, modifies release factors RF‑1 and RF‑2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,261,810 | 0 | G | A | 83.5% | 749.2 / 135.8 | 297 | A87A (GCG→GCA) | prmC | N5‑glutamine methyltransferase, modifies release factors RF‑1 and RF‑2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/23); new base A (118/129); total (145/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
TATTCTCGCCTTTGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCGACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTAGCGAGCGCCCGGACTGCGAAATTA > CP009273/1261663‑1261958 | ttCTCGCCTTTGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAAcc > 2:4243358/1‑149 (MQ=255) tctcGCCTTTGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCGACCt < 2:2365582/149‑1 (MQ=255) tctcGCCTTTGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCGACCt < 2:2260595/149‑1 (MQ=255) tctcGCCTTTGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCGACCt < 2:4055856/149‑1 (MQ=255) tctcGCCTTTGGAGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCGACCt < 2:1668643/149‑1 (MQ=255) ctcGCCTTTGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCtt < 2:3468272/149‑1 (MQ=255) tcGCCTTTGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTa < 2:51317/149‑1 (MQ=255) tcGCCTTTGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTa > 2:1076156/1‑149 (MQ=255) 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tCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGc < 2:2748069/149‑1 (MQ=255) tCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGc < 2:409931/149‑1 (MQ=255) cGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCt < 2:3732004/149‑1 (MQ=255) gTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTa < 2:4456415/149‑1 (MQ=255) ttGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCGACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTag > 2:929891/1‑149 (MQ=255) 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gCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTagcg > 1:507752/1‑149 (MQ=255) gTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTagcgagc > 1:2345100/1‑149 (MQ=255) gTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTagcgagc > 1:171123/1‑149 (MQ=255) gTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTagcgagc < 1:1007444/149‑1 (MQ=255) aTTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTAGCGAGCGcc > 2:66309/1‑149 (MQ=255) 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ccAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTAGCGAGCGCCCGGACTGCGa > 1:2384682/1‑149 (MQ=255) aGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTAGCGAGCGCCCGGACTGCGaaa > 1:3178679/1‑149 (MQ=255) | TATTCTCGCCTTTGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCGACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTAGCGAGCGCCCGGACTGCGAAATTA > CP009273/1261663‑1261958 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |