| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,282,696 | G→A | 8.5% | intergenic (‑4/+4) | rttR ← / ← tyrV | rtT sRNA, processed from tyrT transcript/tRNA‑Tyr |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,282,696 | 0 | G | A | 8.5% | 689.9 / 36.3 | 216 | intergenic (‑4/+4) | rttR/tyrV | rtT sRNA, processed from tyrT transcript/tRNA‑Tyr |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (101/96); new base A (9/9); total (110/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
GCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCC‑TTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTC > CP009273/1282548‑1282844 | tGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTGGCCTGCGGCAACGCGCACTCGCTGGCGCGCGAGTCGAACCATGGGCGAAGCTTCTCATCCATACCCCCCAGGGGC‑GAATAGTTAATTTCGGATTCGTTGGGAACATCACGGACTGTTTAAAGTg > 2:4230753/1‑149 (MQ=9) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCC‑TTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAt < 2:2743328/149‑1 (MQ=255) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCAACGCTCGCTCGCTGGCGCGCGAGTCGAACCGTGGTCGAAGCGTCTCATCC‑GTACCCCCCTGGGCCGAATATTTAATTGCGGAGTCGGTGGGAAGTTCAGGGTCGTTTGTAAGTgtt > 2:2383785/1‑147 (MQ=14) 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cAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTgggg < 2:1002826/149‑1 (MQ=255) cAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTgggg < 2:3390808/149‑1 (MQ=255) aGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTggggg < 1:1907938/149‑1 (MQ=255) ggACTTTTGAAAATGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTaa > 2:2913118/1‑110 (MQ=255) gACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTGCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAg < 2:4567953/149‑1 (MQ=255) cTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCa > 1:619754/1‑57 (MQ=255) cTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCa < 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aaaaTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATtc < 1:3133197/149‑1 (MQ=255) aaaGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATtc > 2:4101212/1‑149 (MQ=255) aGTGTTGGTGGTGGGGGACGGCTGCGAACCTGCGCCGGCGAGGTCGGCAGATTGACAGCCTGCGCCCGTTGGGCGCTCGGGACCCCGCCGA‑GGGGTTAGTCACTTTTGGCGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATtcgt < 2:3585473/149‑1 (MQ=255) | GCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCC‑TTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTC > CP009273/1282548‑1282844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |