| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,377,693 | C→A | 27.1% | D176Y (GAT→TAT) | ycjW ← | LacI family putative transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,377,693 | 0 | C | A | 27.1% | 657.2 / 201.9 | 295 | D176Y (GAT→TAT) | ycjW | LacI family putative transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (116/99); new base A (35/45); total (151/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
CCGCCATCAACAATCCATTCATCACGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCGGTCAACGCAATGCTGTCGCCAAAATTATCGGTATCGACAGAATAAACATGGGCATATTGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATA > CP009273/1377545‑1377841 | gCCATCAACAATCCATTCATCACGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATCTTTTGATGCCCACTTTCACTTAATGCATAgg > 2:3059692/1‑149 (MQ=255) cATCAACAATCCATTCATCACGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATCggcc < 1:1048024/149‑3 (MQ=255) cATCAACAATCCATTCATCACGCACTGCAATATTATGCGCAGCCAGGCTCTGCTTATAACCATTAACGCGATCAACCGAAACATGGACATCAAGCGGAGCATGCAGGCAGGCAATATTTTGATGCCCACTTTCAATTAATGCATAGGTc < 1:322744/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |