| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,389,852 | 0 | G | T | 89.3% | 754.5 / 82.8 | 293 | R110S (CGC→AGC) | ynaI | mechanosensitive channel protein, very small conductance |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/12); new base T (123/138); total (143/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
GCCATACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATTAAT > CP009273/1389704‑1389999 | gCCATACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATcgcg > 1:3297843/1‑149 (MQ=255) ccGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCttt < 1:4178595/149‑1 (MQ=255) ccGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCttt > 1:2416674/1‑149 (MQ=255) 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ccaATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGttt > 2:1017107/1‑149 (MQ=255) ccaATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGttt > 1:3094724/1‑149 (MQ=255) caATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGtttt < 2:179699/149‑1 (MQ=255) aTACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTc > 1:3249736/1‑149 (MQ=255) tACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCa > 1:3879587/1‑149 (MQ=255) 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tAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTta > 1:2504735/1‑149 (MQ=255) tAATCCGCGCACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTta > 2:3162044/1‑149 (MQ=255) tAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTta < 1:1790110/149‑1 (MQ=255) gcACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCAATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTc < 2:4720606/149‑1 (MQ=255) cACTGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCt < 2:4032735/149‑1 (MQ=255) tGGTGATATCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCtata > 1:530200/1‑149 (MQ=255) atatCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACAta < 2:3676692/149‑1 (MQ=255) tatCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACAtaa < 1:4081727/149‑1 (MQ=255) atCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACAtaat > 2:767059/1‑149 (MQ=255) tCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACAtaatt < 1:354058/149‑1 (MQ=255) tCGCTACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACAtaatt > 1:1564071/1‑149 (MQ=255) cgctACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACAtaatta > 1:1430414/1‑149 (MQ=255) | GCCATACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATTAAT > CP009273/1389704‑1389999 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |