| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,393,781 | C→A | 7.5% | M1M (ATG→ATT) † | fnr ← | oxygen‑sensing anaerobic growth regulon transcriptional regulator; autorepressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,393,781 | 0 | C | A | 7.5% | 1035.8 / 34.8 | 278 | M1M (ATG→ATT) † | fnr | oxygen‑sensing anaerobic growth regulon transcriptional regulator; autorepressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (121/135); new base A (8/14); total (129/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
GCTTCTTCCGCTCAATGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCAAGCCGTAATTGATATTTGTCAATTTTAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGG > CP009273/1393633‑1393929 | cttcCGCTCAATGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAg > 1:3470497/1‑149 (MQ=255) ccGCTCAATGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTc < 2:1541324/149‑1 (MQ=255) tCAATGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCt < 1:1930463/149‑1 (MQ=255) cAATGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTc < 1:4298013/149‑1 (MQ=255) cAATGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTc < 1:1882483/149‑1 (MQ=255) aTGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCaa < 1:2951569/149‑1 (MQ=255) aTGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCaa > 1:2299229/1‑149 (MQ=255) tatCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCAAGCCGTaa > 1:1020110/1‑149 (MQ=255) tatCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCAAGCCGTaa < 2:2489589/149‑1 (MQ=255) atCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCAAGCCGTAAt < 2:2298728/149‑1 (MQ=255) cAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCAAGCCGTAATTg < 1:762412/149‑1 (MQ=255) cAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCAAGCCGTAATTg < 1:3982452/149‑1 (MQ=255) aaGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCAAGCCGTAATTGa < 2:1413429/149‑1 (MQ=255) 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tCATAGGTCTGCTCAAGCCGTAATTGATATTTGTCAATTTTAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAg > 1:521120/1‑149 (MQ=255) cATAGGTCTGCTCAAGCCGTAATTGATATTTGTCAATTTTAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAgg < 2:3571327/149‑1 (MQ=255) | GCTTCTTCCGCTCAATGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCAAGCCGTAATTGATATTTGTCAATTTTAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGG > CP009273/1393633‑1393929 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |