Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,454,724 | G→T | 100% | G472C (GGT→TGT) | paaH → | 3‑hydroxyadipyl‑CoA dehydrogenase, NAD+‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,454,724 | 0 | G | T | 98.4% | 1182.7 / 5.7 | 369 | G472C (GGT→TGT) | paaH | 3‑hydroxyadipyl‑CoA dehydrogenase, NAD+‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/4); new base T (156/204); total (161/208) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 369 total aligned reads displayed.
TGAATTATCCATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCGGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGCTTAACGGT > CP009273/1454578‑1454868 | tGAATTATCCATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGt < 1:1357382/149‑1 (MQ=255) aTTATCCATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTAt < 1:2513143/149‑1 (MQ=255) ttATCCATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATg < 1:1142658/149‑1 (MQ=255) aTCCATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAg < 1:4600696/149‑1 (MQ=255) aTCCATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAg > 1:4434864/1‑149 (MQ=255) aTCCATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAg < 1:3797279/149‑1 (MQ=255) tCCATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGt > 1:108437/1‑149 (MQ=255) ccATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTc < 2:3132698/149‑1 (MQ=255) ccATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTc < 1:3257102/149‑1 (MQ=255) cATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCa > 2:1279242/1‑149 (MQ=255) atatGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCAt < 1:3317899/149‑1 (MQ=255) tatGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCGTCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATa > 1:3008699/1‑149 (MQ=255) atGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATaa < 2:1107480/149‑1 (MQ=255) tGGCCCACTTGCCTGGGGAGCTCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAg < 2:2935512/149‑1 (MQ=255) gCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGc > 1:4479754/1‑149 (MQ=255) gCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGc < 1:3565491/149‑1 (MQ=255) ccACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCt < 2:2842634/149‑1 (MQ=255) cACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTg > 1:4500937/1‑149 (MQ=255) aCTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTgg > 2:3707066/1‑149 (MQ=255) cTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGc < 1:87754/149‑1 (MQ=255) tGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCaa > 2:4681109/1‑149 (MQ=255) tGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCGGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATg < 1:2834131/149‑1 (MQ=255) ggAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGccc < 2:1551272/149‑1 (MQ=255) aGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCAt < 2:3450567/149‑1 (MQ=255) aGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCAt < 2:233301/149‑1 (MQ=255) aaCTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAAt < 2:264303/149‑1 (MQ=255) aCTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATg < 1:1764834/149‑1 (MQ=255) cTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGt > 2:4543299/1‑149 (MQ=255) ggctggcAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATg < 1:2784944/149‑1 (MQ=255) gctggcAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCGTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATga > 1:4045133/1‑149 (MQ=255) ggcAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGaa > 1:394342/1‑149 (MQ=255) gCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCACTGTATGAGAACGAt > 2:2073734/1‑149 (MQ=255) gCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGAt > 1:4063132/1‑149 (MQ=255) ttAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGTGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTgcg < 2:517281/149‑1 (MQ=255) aaGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATTCCTGCGcc > 1:2897703/1‑149 (MQ=255) gCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCACTGTATGAGAACGATGCCTGCGCCaaa > 1:1871606/1‑149 (MQ=255) cTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAg < 2:67537/149‑1 (MQ=255) tGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCtt < 2:2758697/149‑1 (MQ=255) aaaaTCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTgg > 2:3400653/1‑149 (MQ=255) aaaaTCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTgg < 1:4073814/149‑1 (MQ=255) aaaTCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGc < 1:2068436/149‑1 (MQ=255) aaaTCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGc < 1:3667093/149‑1 (MQ=255) cTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCg < 1:946392/149‑1 (MQ=255) cTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCg > 2:2530264/1‑149 (MQ=255) atACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGATCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCg < 1:4507043/148‑1 (MQ=255) tACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGa > 2:1757682/1‑149 (MQ=255) tACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGa < 1:518597/149‑1 (MQ=255) aCAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAATCGCTTGGCATCGAc > 1:1923257/1‑149 (MQ=255) aCAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGAc < 2:1835474/149‑1 (MQ=255) gCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACAtt > 2:3934945/1‑149 (MQ=255) gCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACAtt > 2:567222/1‑149 (MQ=255) gCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACAtt < 2:4727349/149‑1 (MQ=255) aTCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCACTGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCGTGGCATCGACATTAt > 2:3218646/1‑149 (MQ=255) aCTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTAtatc > 1:3405691/1‑149 (MQ=255) cTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCa > 2:2027407/1‑149 (MQ=255) tATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCaa > 2:3277296/1‑149 (MQ=255) tATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAAAGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCaa > 2:2150786/1‑149 (MQ=255) tGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCACTGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATg > 2:3057445/1‑149 (MQ=255) tGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATg > 2:162445/1‑149 (MQ=255) tGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATg > 2:4553409/1‑149 (MQ=255) ggCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATgg < 1:2583372/149‑1 (MQ=255) cGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGAt < 1:4257791/149‑1 (MQ=255) gaagaaCGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATg > 2:1709027/1‑149 (MQ=255) gaaCGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCACCGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAg < 1:2005452/149‑1 (MQ=255) aaCGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAgg < 2:225736/149‑1 (MQ=255) aaCGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAgg < 1:2724572/149‑1 (MQ=255) gCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCtt < 1:3435059/149‑1 (MQ=255) gCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCtt < 1:4447989/149‑1 (MQ=255) cTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCttt > 1:2681204/1‑149 (MQ=255) cTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCttt < 1:2246259/149‑1 (MQ=255) cTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCttt < 1:1228879/149‑1 (MQ=255) tATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTg > 1:4785641/1‑149 (MQ=255) cGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCCTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTg < 2:3593257/149‑1 (MQ=255) gCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGt < 2:4678551/149‑1 (MQ=255) gCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGt < 1:988091/149‑1 (MQ=255) ccATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAg < 1:3968250/149‑1 (MQ=255) ccATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAg < 2:4133423/149‑1 (MQ=255) cATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGt < 1:1518377/149‑1 (MQ=255) cATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGt < 1:1988058/149‑1 (MQ=255) cATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCGGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGt > 1:26009/1‑149 (MQ=255) cATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCGGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGt < 1:3203712/149‑1 (MQ=255) aTGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTAGGAGTCAAAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCCATGTATGATAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCATGGCATCGACATTATCTCACTGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTg > 1:87032/1‑149 (MQ=255) tCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCa < 2:1502540/149‑1 (MQ=255) aTTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCAtt > 1:684724/1‑148 (MQ=255) ttGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCCTAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGa > 2:3637383/1‑149 (MQ=255) ttGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGa > 2:832929/1‑149 (MQ=255) tgcGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGt < 1:1632404/149‑1 (MQ=255) aCGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGca < 2:4265652/149‑1 (MQ=255) cGGGCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGcac < 1:1753662/149‑1 (MQ=255) gggCGCTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGcaca > 2:3830103/1‑149 (MQ=255) gcTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATg > 1:4712243/1‑149 (MQ=255) cTTCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGc < 2:1881496/149‑1 (MQ=255) ttCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGCt > 2:4464116/1‑149 (MQ=255) ttCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGCt > 1:467796/1‑149 (MQ=255) tCTGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGCtt < 1:3167581/149‑1 (MQ=255) tGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGCTTaa < 2:3432255/149‑1 (MQ=255) tGGAGAGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGCTTaa < 1:3870355/149‑1 (MQ=255) gagaGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGCTTAACg < 2:2996672/149‑1 (MQ=255) gagaGCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGCTTAACg > 1:2341548/1‑149 (MQ=255) gagCTGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGCTTAACGGt > 2:622335/1‑149 (MQ=255) | TGAATTATCCATATGGCCCACTTGCCTGGGGAGCGCAACTTGGCTGGCAGCGAATATTAAGGCTCCTTGAAAATCTACAGCATCACTATGGCGAAGAACGCTATCGCCCATGTTCATTGCTGCGCCAACGGGCGCTTCTGGAGAGCGGTTATGAGTCATAAGGCCTGGCAAAATGCCCATGCAATGTATGAGAACGATGCCTGCGCCAAAGCGCTTGGCATCGACATTATCTCAATGGATGAAGGCTTTGCTGTAGTGACCATGACCGTCACTGCACAAATGCTTAACGGT > CP009273/1454578‑1454868 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |