Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,580,852 | C→A | 36.1% | intergenic (‑109/+225) | ydeP ← / ← ydeQ | putative oxidoreductase/putative fimbrial‑like adhesin protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,580,852 | 0 | C | A | 36.1% | 436.0 / 291.9 | 304 | intergenic (‑109/+225) | ydeP/ydeQ | putative oxidoreductase/putative fimbrial‑like adhesin protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (69/125); new base A (57/53); total (126/178) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.57e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.14e-01 |
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
CACCTGCAGCACCCTGGTAGGATTCAATTTTTTTCTTCATCTACTTATCCTGTGTGGAAATGAATTATTAGGATTTGTAATAGCGATGATGCACAGTACATACAAAGGGATTATCGCCAACATGGATATATAAGAGTAGGGGACTACTCTCTTTCTATTTTTAATCTATTATCGTTAAACAATAGATTAAATACGATAAGTTAAGCATCATCTCTCATAGTGTTTAAATTAACATATTTTTCAATATAAAAAATAAGACTCTGGCTTCAATTGTGCGCGGATTTTCTTACAGGTGTA > CP009273/1580704‑1581000 | caccTGCAGCACCCTGGTAGGATTCAATTTTTTTCTTCATCTACTTATCCTGTGTGGAAATGAATTATTAGGATTTGTAATAGCGATGATGCACAGTACATACAAAGGGATTATCGCCAACATGGATATATAAGAGTAGGGGACTActc < 2:591531/149‑1 (MQ=255) caccTGCAGCACCCTGGTAGGATTCAATTTTTTTCTTCATCTACTTATCCTGTGTGGAAATGAATTATTAGGATTTGTAATAGCGATGATGCACAGTACATACAAAGGGATTATCGCCAACATGGATATATAAGAGTAGGGGACTActc > 1:2167794/1‑149 (MQ=255) cTGCAGCACCCTGGTAGGATTCAATTTTTTTCTTCATCTACTTATCCTGTGTGGAAATGAATTATTAGGATTTGTAATAGCGATGATGCACAGTACATACAAAGGGATTATCGCCAACATGGATATATAAGAGTAGGGGACTActatct > 2:2760871/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |