| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,592,700 | G→T | 6.7% | intergenic (‑456/+174) | yneO ← / ← lsrK | pseudogene, AidA homolog/autoinducer‑2 (AI‑2) kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,592,700 | 0 | G | T | 6.7% | 954.0 / 27.3 | 254 | intergenic (‑456/+174) | yneO/lsrK | pseudogene, AidA homolog/autoinducer‑2 (AI‑2) kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (131/106); new base T (9/8); total (140/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
TTGCTTAATAAGAAAACTGTTTCTTTCAATAGGAAAATTATCATCATCATATTTAACAAAGAATAGCACTAATTGCTAAAAATCGAAGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGT > CP009273/1592553‑1592848 | ataaGAAAACTGTTTCTTTCAATAGGAAAATTATCATCATCATATTTAACAAAGAATAGCACTAATTGCTAAAAATCGAAGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCtt < 1:1694364/149‑1 (MQ=255) aaGAAAACTGTTTCTTTCAATAGGAAAATTATCATCATCATATTTAACAAAGAATAGCACTAATTGCTAAAAATCGAAGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTaa > 1:3778714/1‑149 (MQ=255) aaGAAAACTGTTTCTTTCAATAGGAAAATTATCATCATCATATTTAACAAAGAATAGCACTAATTGCTAAAAATCGAAGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTaa < 1:2201686/149‑1 (MQ=255) 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tatTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTc > 1:3970034/1‑149 (MQ=255) ttCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCaa > 1:157773/1‑149 (MQ=255) tCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCaaa > 2:389408/1‑149 (MQ=255) gCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCaaaaa < 2:4643898/149‑1 (MQ=255) gCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCaaaaa < 2:4644116/149‑1 (MQ=255) 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aaTAAGGGTTGTGCTTAAAGCTATAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCTTACAGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAg > 2:4500593/1‑149 (MQ=255) aTAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGc < 2:1603923/149‑1 (MQ=255) aTAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGc > 2:4152321/1‑149 (MQ=255) aTAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTGTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGACCGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACACGCCAGCTCTACACGCCGGGAAATAAGAATAACGATAGGCAAAAACTAACAGc > 2:3107268/1‑149 (MQ=255) tAAGGTTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGcc < 2:1456481/149‑1 (MQ=255) tAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGcc > 2:1281830/1‑149 (MQ=255) tAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGcc < 2:621995/149‑1 (MQ=255) aaGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCa > 1:3873339/1‑149 (MQ=255) aGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAATGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCAc < 1:1697866/149‑1 (MQ=255) gggTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACg > 1:748758/1‑149 (MQ=255) ggTTGTGCTTAATGATTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACgg < 1:2707590/149‑1 (MQ=255) gTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGt > 2:1170442/1‑149 (MQ=255) | TTGCTTAATAAGAAAACTGTTTCTTTCAATAGGAAAATTATCATCATCATATTTAACAAAGAATAGCACTAATTGCTAAAAATCGAAGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGT > CP009273/1592553‑1592848 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |