Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,611,967 | C→T | 6.7% | A228V (GCA→GTA) | ydeA → | arabinose efflux transporter, arabinose‑inducible |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,611,967 | 0 | C | T | 6.7% | 1172.3 / 45.7 | 327 | A228V (GCA→GTA) | ydeA | arabinose efflux transporter, arabinose‑inducible |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (153/151); new base T (16/6); total (170/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
TCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTACACGGCATACAGCTATATCGAGCCTTTTGTACAAAACATTGCGGGATTCAGCGCCAACTTTGCCACGGCATTACTGTTATTACTCGGTGGTGCGGGCATTATTGGCAGCGTGATTTTCGGTAAACTGGGTAATCAGTATGCGTCTGCGTTGGTG > CP009273/1611820‑1612115 | tCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTACACGGCa > 1:195126/1‑149 (MQ=255) aCCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTACACGGCATa > 1:3671037/1‑149 (MQ=255) cccTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTACACGGTATAc < 1:2710985/149‑1 (MQ=255) ccTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTACACGGTATACa > 2:3863620/1‑149 (MQ=255) cTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTACACGGCATACAg > 2:3389960/1‑149 (MQ=255) cTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTACACGGCATACAg > 2:1826056/1‑149 (MQ=255) cTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCAGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTACACGGCATACAg > 1:3367053/1‑149 (MQ=255) ttttGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTACACGGCATACAGc < 1:2295573/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |