Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,615,508 | 0 | C | A | 6.8% | 1236.8 / 37.8 | 330 | intergenic (‑114/‑81) | eamA/ydeE | cysteine and O‑acetyl‑L‑serine efflux system/putative transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (159/148); new base A (12/11); total (171/159) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
ACCAGTAGCGCCAACACCCCATCTTTTCGCGACATTCTACCGCCTCTGAATTTCATCTTTTGTAAGCAATCAACTTAGCTGAATTTACTTTTCTTTAACAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCTATACTTCGGATTTTTGCCATGCTATTTCTTTACATCTCTAAAACAAAACATAACGAAACGCACTGCCGGACAGACAAATGAACTTATCCCTACGACGCTCTACCAGCGCCCTTCTTGCCTCGTCGTTGTTATTAACCATCGGA > CP009273/1615360‑1615654 | aCCAGTAGCGCCAACACCCCATCTTTTCGCGACATTCTACCGCCTCTGAATTTCATCTTTTGTAAGCAATCAACTTAGCTGAATTTACTTTTCTTTAACAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTc < 2:2328458/149‑1 (MQ=255) aCCAGTAGCGCCAACACCCCATCTTTTCGCGACATTCTACCGCCTCTGAATTTCATCTTTTGTAAGCAATCAACTTAGCTGAATTTACTTTTCTTTAACAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTc > 1:2181740/1‑149 (MQ=255) aGTAGCGCCAACACCCCATCTTTTCGCGACATTCTACCGCCTCTGAATTTCATCTTTTGTAAGCAATCAACTTAGCTGAATTTACTTTTCTTTAACAGTTGATTCGTTAGTCGCCGGTTACGACGGCATTAATGCGCAAATAAGTCGCt > 2:2822933/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |