| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,659,309 | C→A | 11.3% | R183S (CGC→AGC) | dmsD → | twin‑argninine leader‑binding protein for DmsA and TorA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,659,309 | 0 | C | A | 11.3% | 867.6 / 55.6 | 253 | R183S (CGC→AGC) | dmsD | twin‑argninine leader‑binding protein for DmsA and TorA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (110/114); new base A (21/8); total (131/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.84e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
GATGGCTGCGTGGTTGGCGGAGAATGGTCGCCAGACAGAATGCGAAGAATTGCTGGCATGGCACCTTTTTCCGTGGTCAACACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTC > CP009273/1659161‑1659457 | ggCTGCGTGGTTGGCGGAGAATGGTCGCCAGACAGAATGCGAAGAATTGCTGGCATGGCACCTTTTTCCGTGGTCAACACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCt < 2:2060434/149‑1 (MQ=255) tGCGTGGTTGGCGGAGAATGGTCGCCAGACAGAATGCGAAGAATTGCTGGCATGGCACCTTTTTCCGTGGTCAACACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTaa < 2:2166811/149‑1 (MQ=255) tGCGTGGTTGGCGGAGAATGGTCGCCAGACAGAATGCGAAGAATTGCTGGCATGGCACCTTTTTCCGTGGTCAACACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTAGCTTaa < 1:2513027/149‑1 (MQ=255) 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gaATGGTCGCCAGACAGAATGCGAAGAATTGCTGGCATGGCACCTTTTTCCGTGGTCAACACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTAGCTTAACGCTGGCGCAATGGc > 2:431302/1‑149 (MQ=255) cagacagaATGCGAAGAATTGCTGGCATGGCACCTTTTTCCGTGGTCAACACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACt > 1:1621401/1‑149 (MQ=255) agacagaATGCGAAGAATTGCTGGCATGGCACCTTTTTCCGTGGTCAACACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCACTCACAACTg > 2:4511004/1‑149 (MQ=255) agaATGCGAAGAATTGCTGGCATGGCACCTTTTTCCGTGGTCAACACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTaa < 2:3171287/149‑1 (MQ=255) agaATGCGAAGAATTGCTGGCATGGCACCTTTTTCCGTGGTCAACACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTaa > 1:2877629/1‑149 (MQ=255) aaTGCGAAGAATTGCTGGCATGGCACCTTTTTCCGTGGTCAACACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAAtt > 1:2409939/1‑149 (MQ=255) aaTGCGAAGAATTGCTGGCATGGCACCTTTTTCCGTGGTCAACACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAAtt < 1:1313880/149‑1 (MQ=255) aaTGCGAAGAATTGCTGGCATGGCACCTTTTTCCGTGGTCAACACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAAtt > 1:3139523/1‑149 (MQ=255) aTGCGAAGAATTGCTGGCATGGCACCTTTTTCCGTGGTCAACACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTc < 2:4259781/149‑1 (MQ=255) tGCGAAGAATTGCTGGCATGGCACCTTTTTCCGTGGTCAACACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAACGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTAGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTcc < 2:229521/149‑1 (MQ=255) 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cacCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCa > 1:1042735/1‑149 (MQ=255) cacCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCa > 1:581217/1‑149 (MQ=255) acCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaa < 2:2826975/149‑1 (MQ=255) cccTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTAGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaat > 2:807053/1‑149 (MQ=255) ccTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCaata > 1:4082721/1‑149 (MQ=255) 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gCTAGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTAt > 2:4218969/1‑149 (MQ=255) cTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTAtc < 1:10963/149‑1 (MQ=255) | GATGGCTGCGTGGTTGGCGGAGAATGGTCGCCAGACAGAATGCGAAGAATTGCTGGCATGGCACCTTTTTCCGTGGTCAACACGTTTTCTTGATGTTTTTATCGAAAAAGCAGAACACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGTGACGATTACGCGCAATCCGGCAATAATAGGTTACAGTGTCACGTTTTTTTATCTC > CP009273/1659161‑1659457 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |