| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,734,355 | C→A | 6.6% | P63Q (CCG→CAG) | ydhC → | putative arabinose efflux transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,734,355 | 0 | C | A | 6.6% | 963.7 / 26.3 | 256 | P63Q (CCG→CAG) | ydhC | putative arabinose efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (115/123); new base A (12/6); total (127/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
GAGCGTACTCGGTTTTCTGGCAACCGATATGTATCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCG > CP009273/1734209‑1734503 | gAGCGTACTCGGTTTTCTGGCAACCGATATGTATCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGc < 2:4707932/149‑1 (MQ=255) gCGTACTCGGTTTTCTGGCAACCGATATGTATCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGctc > 1:1204058/1‑149 (MQ=255) aCTCGGTTTTCTGGCAACCGATATGTATCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCg > 2:843911/1‑149 (MQ=255) 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gTTTTCTGGCAACCGATATGTATCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGt > 2:686716/1‑149 (MQ=255) ttCTGGCAACCGATATGTATCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTAt < 1:1107140/149‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACCGATATGTATCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCAGCTCTCCGACCGTTAt < 2:3747815/149‑1 (MQ=255) tCTGGCAACCGATATGTATCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATg < 1:3570386/149‑1 (MQ=255) cTGGCAACCGATATGTATCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATgg < 2:2300861/149‑1 (MQ=255) 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tgtgGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTTGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTgc < 1:2387407/149‑1 (MQ=255) cGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCgcggcg > 1:2056694/1‑149 (MQ=255) | GAGCGTACTCGGTTTTCTGGCAACCGATATGTATCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCG > CP009273/1734209‑1734503 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |