| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,811,368 | C→A | 30.4% | A9S (GCC→TCC) | chbG ← | chito‑oligosaccharide deacetylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,811,368 | 0 | C | A | 30.4% | 612.4 / 249.8 | 312 | A9S (GCC→TCC) | chbG | chito‑oligosaccharide deacetylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (117/100); new base A (47/48); total (164/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
TGGCCAGACTCGGTTCATCACGACTCAACTGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTAAGCTCTGCGATGCAGTCGGCAAAGTTTGGCAGCCATTTCTCGTGCGCCAGAATCATCTCGCGTGCCAGCAGCTCAGCATCGCGATCGGAATGCACC > CP009273/1811221‑1811516 | tGGCCAGACTCGGTTCATCACGACTCAACTGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCa > 1:3695131/1‑149 (MQ=255)tGGCCAGACTCGGTTCATCACGACTCAACTGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCa > 1:2145812/1‑149 (MQ=255) gCCAGACTCGGTTCATCACGACTCAACTGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCAtt > 2:486808/1‑149 (MQ=255) gCCAGACTCGGTTCATCACGACTCAACTGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGAAtt < 2:4374358/149‑1 (MQ=255) gACTCGGTTCATCACGACTCAACTGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACa > 2:3876077/1‑149 (MQ=255) gACTCGGTTCATCACGACTCAACTGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACa > 2:3949155/1‑149 (MQ=255) tCGGTTCATCACGACTCAACTGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATc > 1:673396/1‑149 (MQ=255) ttCATCACGACTCAACTGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTa > 2:4002562/1‑149 (MQ=255) atcaCGACTCAACTGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGc < 1:4511596/149‑1 (MQ=255) tcaCGACTCAACTGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGTCATTAAAAATCAGTAAGCg > 1:3784013/1‑149 (MQ=255) tcaCGACTCAACTGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGAATTAACAATCAGTAAGCg > 1:3912291/1‑149 (MQ=255) gACTCAACTGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTcc < 2:1468819/149‑1 (MQ=255) aCTCAACTGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCa < 1:138370/149‑1 (MQ=255) aaCTGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAAt > 1:4203179/1‑149 (MQ=255) aaCTGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAAt < 2:2897878/149‑1 (MQ=255) cTGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCa < 1:3556828/149‑1 (MQ=255) cTGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGAATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCa < 2:2148900/149‑1 (MQ=255) tGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAg > 1:1735818/1‑149 (MQ=255) tGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAg > 2:3413837/1‑149 (MQ=255) gCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGc > 2:4168801/1‑149 (MQ=255) cACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGcc < 1:3417349/149‑1 (MQ=255) cATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGAATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGt < 1:4046273/149‑1 (MQ=255) cATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGAATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGt < 1:2766967/149‑1 (MQ=255) ggTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTaa > 1:2441244/1‑149 (MQ=255) tCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGAATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAAtg > 2:2046218/1‑149 (MQ=255) aaTAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGAATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAAtgtg > 1:2740345/1‑149 (MQ=255) aTAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGc > 2:2034217/1‑149 (MQ=255) aGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCtt > 2:3296472/1‑149 (MQ=255) gCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCttt < 2:167223/149‑1 (MQ=255) gCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCttt > 2:101883/1‑149 (MQ=255) ccTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCtttt < 2:3522236/149‑1 (MQ=255) tGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGAATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCtttttt > 2:4264125/1‑149 (MQ=255) cccATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTaa < 2:3787495/149‑1 (MQ=255) 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aCCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGAATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTAAGCTCTGc > 2:1456643/1‑149 (MQ=255) ccAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTAAGCTCTGCg > 2:920537/1‑149 (MQ=255) cAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTAAGCTCTGCGa < 1:4423867/149‑1 (MQ=255) gcgcCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTAAGCTCTGCGATg > 1:1041859/1‑149 (MQ=255) cgcCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTAAGCTCTGCGATGc < 2:3011994/149‑1 (MQ=255) 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aaaaTCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTAAGCTCTGCGATGCAGTCGGCAAAGTTTGGCAGCCATTTCTCGTGCGCCAGAATCATCTCGCGTGCCAGCAGCTCAGCATCGCGAt > 1:3951668/1‑149 (MQ=255) aaaaTCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTAAGCTCTGCGATGCAGTCGGCAAAGTTTGGCAGCCATTTCTCGTGCGCCAGAATCATCTCGCGTGCCAGCAGCTCAGCATCGCGAt > 2:82182/1‑149 (MQ=255) aaaaTCATCGGAATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTAAGCTCTGCGATGCAGTCGGCAAAGTTTGGCAGCCATTTCTCGTGCGCCAGAATCATCTCGCGTGCCAGCAGCTCAGCATCGCGAt > 1:2922508/1‑149 (MQ=255) aaaaTCATCGGAATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTAAGCTCTGCGATGCAGTCGGCAAAGTTTGGCAGCCATTTCTCGTGCGCCAGAATCATCTCGCGTGCCAGCAGCTCAGCATCGCGAt < 2:3139944/149‑1 (MQ=255) catcGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTAAGCTCTGCGATGCAGTCGGCAAAGTTTGGCAGCCATTTCTCGTGCGCCAGAATCATCTCGCGTGCCAGCAGCTCAGCATCGCGATCGGaa > 1:3645979/1‑149 (MQ=255) atcGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTAAGCTCTGCGATGCAGTCGGCAAAGTTTGGCAGCCATTTCTCGTGCGCCAGAATCATCTCGCGTGCCAGCAGCTCAGCATCGCGATCGGAAt < 2:1926009/149‑1 (MQ=255) tcGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTAAGCTCTGCGATGCAGTCGGCAAAGTTTGGCAGCCATTTCTCGTGCGCCAGAATCATCTCGCGTGCCAGCAGCTCAGCATCGCGATCGGAATg > 2:3254502/1‑149 (MQ=255) cGGAATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTAAGCTCTGCGATGCAGTCGGCAAAGTTTGGCAGCCATTTCTCGTGCGCCAGAATCATCTCGCGTGCCAGCAGCTCAGCATCGCGATCGGAATGc > 1:3455715/1‑149 (MQ=255) cGGAATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTAAGCTCTGCGATGCAGTCGGCAAAGTTTGGCAGCCATTTCTCGTGCGCCAGAATCATCTCGCGTGCCAGCAGCTCAGCATCGCGATCGGAATGc > 1:797524/1‑149 (MQ=255) ggCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTAAGCTCTGCGATGCAGTCGGCAAAGTTTGGCAGCCATTTCTCGTGCGCCAGAATCATCTCGCGTGCCAGCAGCTCAGCATCGCGATCGGAATGCa > 2:3665416/1‑149 (MQ=255) cATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTAAGCTCTGCGATGCAGTCGGCAAAGTTTGGCAGCCATTTCTCGTGCGCCAGAATCATCTCGCGTGCCAGCAGCTCAGCATCGCGATCGGAATGCAcc < 1:3041434/149‑1 (MQ=255) cATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTAAGCTCTGCGATGCAGTCGGCAAAGTTTGGCAGCCATTTCTCGTGCGCCAGAATCATCTCGCGTGCCAGCAGCTCAGCATCGCGATCGGAATGCAcc > 2:2746298/1‑149 (MQ=255) | TGGCCAGACTCGGTTCATCACGACTCAACTGCACCGCATGGTCAATAGCCTGCCCATTCACCAGCGCCGTCGTCGACGTGACAATCCCATTGCGACAGGCCTCGATAATGCCGTAGTTCTGACCTTTGCTTAAGCCAAAATCATCGGCATTAACAATCAGTAAGCGTTCCATAATCAGCCTCGGTTAATGTGCTTTTTTAAGCTCTGCGATGCAGTCGGCAAAGTTTGGCAGCCATTTCTCGTGCGCCAGAATCATCTCGCGTGCCAGCAGCTCAGCATCGCGATCGGAATGCACC > CP009273/1811221‑1811516 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |