| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,865,000 | C→A | 88.8% | P120Q (CCA→CAA) | yeaI → | putative membrane‑anchored diguanylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,865,000 | 0 | C | A | 88.8% | 681.9 / 73.3 | 268 | P120Q (CCA→CAA) | yeaI | putative membrane‑anchored diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/15); new base A (121/116); total (137/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
TTACTACCTTATATAACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGT > CP009273/1864856‑1865148 | tactacCTTATATAACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACAAacac > 2:3688940/1‑149 (MQ=255) tacCTTATATAACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACAAAAACTCa > 1:915889/1‑149 (MQ=255) tacCTTATATAACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTACTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTAACTAACAAACAAATTTTACAAACACTCa > 1:176938/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |