Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,908,989 | C→T | 6.9% | A29T (GCT→ACT) | prc ← | carboxy‑terminal protease for penicillin‑binding protein 3 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,908,989 | 0 | C | T | 6.9% | 1176.2 / 46.6 | 331 | A29T (GCT→ACT) | prc | carboxy‑terminal protease for penicillin‑binding protein 3 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (164/143); new base T (12/11); total (177/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
AGCAGATTCAGGTAGCGGTCAAAGATTTTGGCCGAAAATGCCTGATCGAGGTCGAACTGGCGATAATGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCAAAGACATACCCG > CP009273/1908841‑1909136 | aGCAGATTCAGGTAGCGGTCAAAGATTTTGGCCGAAAATGCCTGATCGAGGTCGAACTGGCGATAATGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGc > 2:4319946/1‑149 (MQ=255) ttCAGGTAGCGGTCAAAGATTTTGGCCGAAAATGCCTGATCGAGGTCGAACTGGCGATAATGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGt > 2:227701/1‑149 (MQ=255) cAGGTAGCGGTCAAAGATTTTGGCCGAAAATGCCTGATCGAGGTCGAACTGGCGATAATGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCTCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGa > 1:1365981/1‑149 (MQ=255) aGGTAGCGGTCAAAGCTTTTGGCCGAAAATGCCTGATCGAGGTCGAACTGGCGATAATGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCGGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGat < 2:756709/149‑1 (MQ=255) ggTAGCGGTCAAAGATTTTGGCCGAAAATGCCTGATCGAGGTCGAACTGGCGATAATGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGata < 1:4666141/149‑1 (MQ=255) ggTAGCGGTCAAAGATTTTGGCCGAAAATGCCTGATCGAGGTCGAACTGGCGATAATGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGata < 1:2268345/149‑1 (MQ=255) aGCGGTCAAAGATTTTGGCCGAAAATGCCTGATCGAGGTCGAACTGGCGATAATGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATAtct < 2:3192100/149‑1 (MQ=255) gCGGTCAAAGATTTTGGCCGAAAATGCCTGATCGAGGTCGAACTGGCGATAATGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATAtctt < 1:538011/149‑1 (MQ=255) gCGGTCAAAGATTTTGGCCGAAAATGCCTGATCGAGGTCGAACTGGCGATAATGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATAtctt > 1:3633003/1‑149 (MQ=255) cGGTCAAAGATTTTGGCCGAAAATGCCTGATCGAGGTCGAACTGGCGATAATGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATAtcttc < 1:4619329/149‑1 (MQ=255) ggTCAAAGATTTTGGCCGAAAATGCCTGATCGAGGTCGAACTGGCGATAATGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATAtcttct < 1:3897528/149‑1 (MQ=255) gTCAAAGATTTTGGCCGAAAATGCCTGATCGAGGTCGAACTGGCGATAATGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTa < 1:3739534/149‑1 (MQ=255) tCAAAGATTTTGGCCGAAAATGCCTGATCGAGGTCGAACTGGCGATAATGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTAc > 2:683896/1‑149 (MQ=255) tCAAAGATTTTGGCCGAAAATGCCTGATCGAGGTCGAACTGGCGATAATGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTAc > 1:4089144/1‑149 (MQ=255) aaaGATTTTGGCCGAAAATGCCTGATCGAGGTCGAACTGGCGATAATGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAg > 1:4631070/1‑149 (MQ=255) aaGATTTTGGCCGAAAATGCCTGATCGAGGTCGAACTGGCGATAATGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGc < 2:2412257/149‑1 (MQ=255) gATTTTGGCCGAAAATGCCTGATCGAGGTCGAACTGGCGATAATGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGa > 1:4468126/1‑149 (MQ=255) gATTTTGGCCGAAAATGCCTGATCGAGGTCGAACTGGCGATAATGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGa > 1:2835447/1‑149 (MQ=255) 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aTGAGAACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTaa > 2:1914592/1‑149 (MQ=255) agaACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGcc > 2:1188432/1‑149 (MQ=255) gaACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCt > 2:4100278/1‑149 (MQ=255) gaACGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCt < 1:4223401/149‑1 (MQ=255) aaCGGGTGAAGCGCGACGTTACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTa > 2:3167484/1‑149 (MQ=255) 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aCCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACaa < 2:1348218/149‑1 (MQ=255) aCCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACaa < 1:227701/149‑1 (MQ=255) aaTTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCaaa > 2:3047032/1‑149 (MQ=255) aaTGTGATCAGTACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCaaa < 1:553982/149‑1 (MQ=255) aTTTGATCAGTACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCAAAg > 2:4174267/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |