| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,951,334 | C→A | 28.7% | T352T (ACG→ACT) | torY ← | TMAO reductase III (TorYZ), cytochrome c‑type subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,951,334 | 0 | C | A | 28.7% | 739.1 / 258.7 | 352 | T352T (ACG→ACT) | torY | TMAO reductase III (TorYZ), cytochrome c‑type subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (133/118); new base A (46/55); total (179/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
GGTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGTTGTACTGGAAATACCGCGTTAAAATGTCCAGTTCGTTTTCGCTCATGCTGGTTCGTGCCCCCATTCCTTTGGCAATGGACGGCCACGCATTGACGGTGTAATGGTCGGCGGCAATAGGGGCATGACAACCAGCGCAATAGGTATCGTCAAGTTTTTCAGCGTAT > CP009273/1951188‑1951481 | ggTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGTTGTACTGGAAATACCGCGt < 1:477169/149‑1 (MQ=255) gctgcCGCTGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACGTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGTTGTACTGGAAATACCGCGTTaa < 1:4008406/149‑1 (MQ=255) tgcCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGTTGTACTGGAAATACCGAGTTaaaa < 1:610727/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |