Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 162,905 | G→T | 12.1% | V563V (GTG→GTT) | mrcB → | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 162,905 | 0 | G | T | 12.1% | 930.7 / 67.1 | 273 | V563V (GTG→GTT) | mrcB | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (110/130); new base T (17/16); total (127/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
CAGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGATGGCGCTGGGGCTGCCTGCGGTTACGGAGACCTGGATTAAACTGGGCGTACCGAAAGATCAGTTGCATCCGGTTCCGGCAATGCTGCTGGGGG > CP009273/162757‑163053 | aGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGa < 2:1683051/149‑1 (MQ=255) aGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGa < 1:69225/149‑1 (MQ=255) aGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGa < 1:4707877/149‑1 (MQ=255) aGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGa < 1:4401908/149‑1 (MQ=255) gCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGAt > 1:3092092/1‑149 (MQ=255) gACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGc < 2:637528/149‑1 (MQ=255) tATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCtggt < 2:906855/149‑1 (MQ=255) tATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCtggt > 2:3750467/1‑149 (MQ=255) tCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCtggtgg > 1:843927/1‑149 (MQ=255) cTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGa < 1:1152233/149‑1 (MQ=255) tGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGAt < 2:437897/149‑1 (MQ=255) ggCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTTATGCTGGTGGATGCGt < 2:138318/149‑1 (MQ=255) cTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGa > 2:2721085/1‑149 (MQ=255) cTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGGGGATGCGTTGa > 1:2683861/1‑149 (MQ=255) ttAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTTATGCTGGTGGATGCGTTGAc < 1:1590465/149‑1 (MQ=255) agccagccGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCg > 1:777306/1‑149 (MQ=255) gccGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTTATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGa > 2:4540203/1‑149 (MQ=255) gAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGa > 1:2463264/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |