| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,027,150 | G→T | 7.8% | noncoding (21/91 nt) | rseX → | sRNA antisense regulator of ompA and ompC translation, Hfq‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,027,150 | 0 | G | T | 7.8% | 909.4 / 33.0 | 249 | noncoding (21/91 nt) | rseX | sRNA antisense regulator of ompA and ompC translation, Hfq‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (123/106); new base T (11/9); total (134/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
ACAAATAGATAAATTTTGCGCAACGGCAGTGAATACAGGAAAAATCGTTTTGAGCGATTTTATTTATCTTTGATATCGGCTTTATTAATTCATTTAATCAATATATTAGCACTGATTACAATTATACCTTTTTATTATTCTGTGTCATGATGCTTCCGTTATTAGCCTTTTATCGTCTTGTTTATATTTTTTGGGCCGGCATGATGCCGGC‑TTTTTTTTATGCCTTCATTAATGTGCGCCTGATCACACCAGCCGTTTGGCGCAACAATCATTGATACCCCCTATGTTTCCGCTCA > CP009273/2027002‑2027297 | aaaTAGATAAATTTTGCGCAACGGCAGTGAATACAGGAAAAATCGTTTTGAGCGATTTTATTTATCTTTGATATCGGCTTTATTAATTCATTTAATCAATATATTAGCACTGATTACAATTATACCTTTTTATTATTCTGTGTCattat > 1:4475143/1‑149 (MQ=255) aTAGATAAATTTTGCGCAACGGCAGTGAATACAGGAAAAATCGTTTTGAGCGATTTTATTTATCTTTGATATCGGCTTTATTAATTCATTTAATCAATATATTAGCACTGATTACAATTATACCTTTTTATTATTCTGTGTCATGATGc < 2:1942887/149‑1 (MQ=255) aTAGATAAATTGTGCGCAACGGCAGTGAATACAGGAAAAATCGTTTTGAGCGATTTTATTTATCTTTGATATCGGCTTTATTAATTCATTTAATCAATATATTAGCACTGATTACAATTATACCTTTTTATTATTCTGTGTCATGATGc < 1:2707958/149‑1 (MQ=255) 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tgtgTCATGATGCTTCCGTTATTAGCATTTTATCGTCTTGTTTATATTTTTTGGGCCGGCATGATGCCGGC‑TTTTTTTTATGCCTTCATTAATGTGCGCCTGATCACACCAGCCGTTTGGCGCAACAATCATTGATACCCCCTATGttt < 2:1925506/149‑1 (MQ=255) tgatgCTTCCGTTATTAGCCTTTTATCGTCTTGTTTATATTTTTTGGGCCGGCATGATGCCGGC‑TTTTTTTTATGCCTTCATTAATGTGCGCCTGATCACACCAGCCGTTTGGCGCAACAATCATTGATACCCCCTATGTTTCCGCTCa > 1:4602312/1‑149 (MQ=255) | ACAAATAGATAAATTTTGCGCAACGGCAGTGAATACAGGAAAAATCGTTTTGAGCGATTTTATTTATCTTTGATATCGGCTTTATTAATTCATTTAATCAATATATTAGCACTGATTACAATTATACCTTTTTATTATTCTGTGTCATGATGCTTCCGTTATTAGCCTTTTATCGTCTTGTTTATATTTTTTGGGCCGGCATGATGCCGGC‑TTTTTTTTATGCCTTCATTAATGTGCGCCTGATCACACCAGCCGTTTGGCGCAACAATCATTGATACCCCCTATGTTTCCGCTCA > CP009273/2027002‑2027297 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |