| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,066,165 | A→T | 10.1% | G382G (GGA→GGT) | flu → | CP4‑44 prophage; antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,066,165 | 0 | A | T | 10.1% | 950.6 / 78.8 | 307 | G382G (GGA→GGT) | flu | CP4‑44 prophage; antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (123/153); new base T (18/13); total (141/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
TTGTGGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAATGGCGGACGCCTGGATGTGCTGACCGGACACACAGCCACTAATACCCGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGGTACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCC > CP009273/2066017‑2066312 | ttgtGGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAATGGCGGACGCCTGGATGTGCTGACCGGACACACAGCCACTAATACCCGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGa > 1:3221081/1‑149 (MQ=255) gtgGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAATGGCGGACGCCTGGATGTGCTGACCGGACACACAGCCACTAATACCCGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGaaa > 1:3505712/1‑149 (MQ=255) tgGAGGGTACAGCTGATACTGTCGTACTGGAAAATGGCGGACGCCTGGATGTGCTGACCGGACACACAGCCACTAATACCCGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAAt < 2:4116638/149‑1 (MQ=255) 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gCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGGTACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGttcattc > 1:784614/1‑149 (MQ=255) cACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGGTACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGttcattca < 1:2299601/149‑1 (MQ=255) cGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGGTACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGc < 2:3604959/149‑1 (MQ=255) ccaccaCCGTATCCATGGGAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGGTACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTg > 1:4374109/1‑149 (MQ=255) accaccGTATCCATGGGAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGGTACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGaa < 2:3343756/149‑1 (MQ=255) ccaccGTATCCATGGGAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGGTACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAAc > 2:424768/1‑149 (MQ=255) accGTATCCATGGGAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGGTACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGc < 2:1060375/149‑1 (MQ=255) ccGTATCCATGGGAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGGTACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGcc > 1:1031044/1‑149 (MQ=255) tATCCATGGGAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGGTACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGt < 1:39965/149‑1 (MQ=255) aTCCATGGGAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGGTACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTg > 1:4338119/1‑149 (MQ=255) gggAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGGTACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACgg < 1:2958009/149‑1 (MQ=255) gAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGGTACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGcc > 2:887888/1‑149 (MQ=255) | TTGTGGAGGGTAAAGCTGATAATGTCGTACTGGAAAATGGCGGACGCCTGGATGTGCTGACCGGACACACAGCCACTAATACCCGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGGTACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCC > CP009273/2066017‑2066312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |