Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,307,391 | C→A | 7.9% | P142Q (CCG→CAG) | rcsD → | phosphotransfer intermediate protein in two‑component regulatory system with RcsBC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,307,391 | 0 | C | A | 7.9% | 1027.3 / 40.7 | 289 | P142Q (CCG→CAG) | rcsD | phosphotransfer intermediate protein in two‑component regulatory system with RcsBC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (127/137); new base A (13/10); total (140/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 |
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
ACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAA > CP009273/2307243‑2307538 | gcCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTgg < 1:4388658/149‑1 (MQ=255) gcCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTgg > 1:3890550/1‑149 (MQ=255) tGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCg > 1:77391/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |