| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 17,376 | C→A | 27.2% | intergenic (+370/‑113) | sokC → / → nhaA | sRNA antisense regulator blocking mokC, and hence hokC, translation/sodium‑proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 17,376 | 0 | C | A | 27.2% | 601.0 / 192.7 | 280 | intergenic (+370/‑113) | sokC/nhaA | sRNA antisense regulator blocking mokC, and hence hokC, translation/sodium‑proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (87/117); new base A (32/44); total (119/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
GCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGCC > CP009273/17228‑17524 | gCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAAttc > 2:1019590/1‑149 (MQ=255) cATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAAttct > 1:3682932/1‑149 (MQ=255) aTCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAattatt > 1:1675275/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |