| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,318,825 | G→T | 86.1% | V197V (GTG→GTT) | atoE → | short chain fatty acid transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,318,825 | 0 | G | T | 86.1% | 664.7 / 119.0 | 281 | V197V (GTG→GTT) | atoE | short chain fatty acid transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/23); new base T (99/143); total (115/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
ACCTGGGGTGGCGGCTTCTCTGGATCAATGCCTCTGTTGGCTGCAACACCGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCGATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTGATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGACTGGAAGAAAGCCGCATTCTGA > CP009273/2318679‑2318973 | cTGGGGTGGCGGCTTCTCTGGATCAATGCCTCTGTTGGCTGCAACACCGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCTATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTTATGc > 2:4391913/1‑149 (MQ=255) tGGGGTGGCGGCTTCTCTGGATCAATGCCTCTGTTGGCTGCAACACCGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCTATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTTATGcc < 1:1717223/149‑1 (MQ=255) tGGGGTGGCGGCTTCTCTGGATCAATGCCTCTGTTGGCTGCAACACCGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCGATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTTATGcc < 1:3464528/149‑1 (MQ=255) 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tggttATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGACTGGAAGAAAGCCGCAtt < 1:2318333/149‑1 (MQ=255) ggttATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGACTGGAAGAAAGCCGCATTc < 1:2255172/149‑1 (MQ=255) | ACCTGGGGTGGCGGCTTCTCTGGATCAATGCCTCTGTTGGCTGCAACACCGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCGATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTGATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGACTGGAAGAAAGCCGCATTCTGA > CP009273/2318679‑2318973 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |