| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,520,652 | C→A | 100% | I116I (ATC→ATA) | yfeH → | putative inorganic ion transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,520,652 | 0 | C | A | 100.0% | 1073.6 / NA | 311 | I116I (ATC→ATA) | yfeH | putative inorganic ion transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (151/160); total (151/160) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
CATTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTC > CP009273/2520506‑2520796 | cATTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGc < 2:2426876/149‑1 (MQ=255) ttGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCtt < 2:4693060/149‑1 (MQ=255) gTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGTAGTCTGCAATAGCCTTCACGTc < 1:4002864/149‑1 (MQ=255) aaTGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGTTGTACTGTTTGACAGTTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTAAGGTTTTCTATACTTGTGCATTATACATGCTACCGTGCAGTCTGAAATAGACTTCACGTCaa > 2:2222012/1‑149 (MQ=255) aaTGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCaa < 2:1238303/149‑1 (MQ=255) aTGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAAt < 1:3861862/149‑1 (MQ=255) aTGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAAt < 2:3317614/149‑1 (MQ=255) aTGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAAt > 2:4480050/1‑149 (MQ=255) tgtgCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATg < 1:1078214/149‑1 (MQ=255) gcaCCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATggcgggc > 2:2088860/1‑149 (MQ=255) aCCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGgcgggcgg > 1:3209619/1‑149 (MQ=255) ccTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGt < 2:3954456/149‑1 (MQ=255) ccTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGt > 2:111414/1‑149 (MQ=255) ccTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGt < 1:1714571/149‑1 (MQ=255) cTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTa < 2:4721352/149‑1 (MQ=255) gTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGt > 1:1270264/1‑149 (MQ=255) ttCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCa > 2:538969/1‑149 (MQ=255) cGAGTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCg < 2:3095076/149‑1 (MQ=255) 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cTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAg < 2:3456241/149‑1 (MQ=255) cAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTc > 2:377690/1‑149 (MQ=255) | CATTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTC > CP009273/2520506‑2520796 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |