Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,553,462 | A→G | 7.1% | intergenic (+37/‑154) | intZ → / → yffL | CPZ‑55 prophage; putative phage integrase/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,553,462 | 0 | A | G | 7.1% | 947.9 / 48.9 | 296 | intergenic (+37/‑154) | intZ/yffL | CPZ‑55 prophage; putative phage integrase/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (124/151); new base G (7/14); total (131/165) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 |
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
CGTTTATAACCAGGCTGCCTACCTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGCTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTA > CP009273/2553314‑2553610 | gTTTATAACCAGGCTGCCTACCTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCAt > 1:1354230/1‑149 (MQ=255) tttATAACCAGGCTGCCTACCTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCAtt > 2:1474516/1‑149 (MQ=255) ttATAACCAGGCTGCCTACCTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTCGCAttt < 2:3069303/149‑1 (MQ=255) tataACCAGGCTGCCTACCTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCAtttt < 1:2411320/149‑1 (MQ=255) ataACCAGGCTGCCTACCTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTg < 1:2076754/149‑1 (MQ=255) aCCAGGCTGCCTACCTGAAGCAACGGCGAGCACTGATGCAGGATTACGCCGACGCTCTTGAGTCAATAGTGGCAGGTAACGGCACTCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGtat > 2:2777938/1‑149 (MQ=255) aCCAGGCTGCCTACCTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGtat > 1:358739/1‑149 (MQ=255) cccggCTGCCTACCTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGtata < 1:3110303/146‑1 (MQ=255) ccAGGCTGCCTACCTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGtata < 2:4603425/149‑1 (MQ=255) cAGGCTGCCTACCTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATaa < 2:1288127/149‑1 (MQ=255) aGGCTGCCTACCTGAAGCAACGGCGAGCACTGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCACTTTTGCATTTTGTATAAg > 2:3854734/1‑149 (MQ=255) aGGCTGCCTACCTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAg > 1:3716750/1‑149 (MQ=255) ggCTGCCTACCTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGACCCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGt < 1:4616779/149‑1 (MQ=255) cTGCCTACCTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTAt < 2:4423952/149‑1 (MQ=255) tGCCTACCTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGTCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTAtt > 2:2712249/1‑149 (MQ=255) tGCCTACCTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCACTTTTGCATTTTGTATAAGTAtt > 2:4395847/1‑149 (MQ=255) ccgaCCTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTAtttg < 2:3928773/146‑1 (MQ=255) ccTACCTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGTCGCTATTGATTCAATATGGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTAtttg < 2:3509773/149‑1 (MQ=255) ccTACCTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTAtttg < 2:1105862/149‑1 (MQ=255) aCCTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTAtttgttt < 2:3287748/149‑1 (MQ=255) ccTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTAtttgtttt < 2:310089/149‑1 (MQ=255) ccTGAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATTGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTAtttgtttt > 2:2836698/1‑149 (MQ=255) ccTCAAGCAACGGCGAGCAATGATGCAGGATTACGCCGACGCTATAGATTCAATATTGGCAGGTAACGGCAATCCTCTAGAACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCGTTTTGTATAAGTAtttgtttt < 2:3894974/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |