| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,578,959 | C→A | 6.8% | intergenic (‑75/‑131) | aegA ← / → narQ | putative oxidoreductase, FeS binding subunit/NAD/FAD‑binding subunit/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with NarP (NarL) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,578,959 | 0 | C | A | 6.8% | 1058.6 / 30.9 | 283 | intergenic (‑75/‑131) | aegA/narQ | putative oxidoreductase, FeS binding subunit/NAD/FAD‑binding subunit/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with NarP (NarL) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (135/128); new base A (14/6); total (149/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
GCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTGGCCATAATAAAACGATTCATAACGACCTTCTTTTTTGGTTGTAAAAACCTTATTCTTTATATGAGTGTTGTTATTACCCGACTTACAGGGGAATCGGCAATGTTCATGTGCCCAGAATAAGTAACTATTTCGCTATAAACTGTGGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACC > CP009273/2578811‑2579106 | gCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTGGCCATAATAAAACGATTCATAACGACCTTCTTTTTTGGTTGTAAAAACCTTATTCTTTATATGAGTGTTGTTATTACCCGACTTACAGGGGAATc < 2:273486/149‑1 (MQ=255) cATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTGGCCATAATAAAACGATTCATAACGACCTTCTTTTTTGGTTGTAAAAACCTTATTCTTTATATGAGTGTTGTTATTACCCGACTTACAGGGGAATCgg > 2:507256/1‑149 (MQ=255) acaGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTGGCCATAATAAAACGATTCATAACGACCTTCTTTTTTGGTTGTAAAAACCTTATTCTTTATATGAGTGTTGTTATTACCCGACTTACAGGGGAATCGGCAATGt < 2:2720953/149‑1 (MQ=255) 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tCGGCAATGTTCATGTGCCCAGAATAAGTAACTATTTCGCTATAAACTGTGGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTGGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGAcc < 2:547872/149‑1 (MQ=255) tCGGCAATGTTCATGTGCCCAGAATAAGTAACTATTTCGCTATAAACTGTGGCAGATAAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGATGACGCGTGTGATTGTTAAACGAcc < 2:4210610/149‑1 (MQ=255) | GCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTGGCCATAATAAAACGATTCATAACGACCTTCTTTTTTGGTTGTAAAAACCTTATTCTTTATATGAGTGTTGTTATTACCCGACTTACAGGGGAATCGGCAATGTTCATGTGCCCAGAATAAGTAACTATTTCGCTATAAACTGTGGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACC > CP009273/2578811‑2579106 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |