Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,632,012 | C→A | 100% | intergenic (‑1/+10) | bamB ← / ← yfgM | BamABCDE complex OM biogenesis lipoprotein/putative anti‑RcsB factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,632,012 | 0 | C | A | 99.2% | 930.6 / ‑1.7 | 280 | intergenic (‑1/+10) | bamB/yfgM | BamABCDE complex OM biogenesis lipoprotein/putative anti‑RcsB factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base A (135/142); total (138/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
CTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATCGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTAACATCGCTTTTCACGCCTGCTTCCCATGCACTACGCGCACCTTGCTTATCACCTTTGCTCAGCAATGCTTCACCACGCAGG > CP009273/2631866‑2632157 | ccACGCCGTGGTCGGAGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACCTCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGt < 2:3819544/149‑1 (MQ=255) cGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTccc > 1:2128538/1‑149 (MQ=255) ccGTGGTCGGCGTAAACTGTTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCctc < 1:4110498/149‑1 (MQ=255) cGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCctct < 1:2100635/149‑1 (MQ=255) tGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCa < 1:3764148/149‑1 (MQ=255) tGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCa < 2:1792819/149‑1 (MQ=255) tGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCa > 2:2149343/1‑149 (MQ=255) gTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGa < 2:1015347/149‑1 (MQ=255) tCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGAt < 2:2006729/149‑1 (MQ=255) tAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACaa > 1:562663/1‑149 (MQ=255) aaCTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAat < 2:4042011/149‑1 (MQ=255) aCTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAatt > 1:2083473/1‑149 (MQ=255) tttCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAAt < 1:955208/149‑1 (MQ=255) ttCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAAtt < 1:4783659/149‑1 (MQ=255) tCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAAttt < 2:272550/149‑1 (MQ=255) tCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAAttt < 2:1217906/149‑1 (MQ=255) cAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAAtttt < 1:1849456/149‑1 (MQ=255) cAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAAtttt < 2:3113552/149‑1 (MQ=255) 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ggTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATc < 1:3134050/149‑1 (MQ=255) ggCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGca < 1:2684862/149‑1 (MQ=255) cAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGcatc < 1:1106938/149‑1 (MQ=255) tGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCAtt < 1:2989437/149‑1 (MQ=255) tGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCAtt < 1:57390/149‑1 (MQ=255) ggggACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCAttt < 2:786835/149‑1 (MQ=255) gggACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTc > 2:2885426/1‑149 (MQ=255) gACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGc < 2:3903303/149‑1 (MQ=255) cATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTc < 2:4327688/149‑1 (MQ=255) aTCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCa > 1:4240304/1‑149 (MQ=255) aTCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCa < 2:538736/149‑1 (MQ=255) tCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAg < 1:4063288/149‑1 (MQ=255) cTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGATTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTACCTCTCATATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGt < 2:4203920/149‑1 (MQ=255) ttACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGc < 1:1739197/149‑1 (MQ=255) tACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGcc < 1:240179/149‑1 (MQ=255) tACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGcc < 1:704799/149‑1 (MQ=255) ccACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCACTTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCgg > 2:1017601/1‑149 (MQ=255) ccACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCgg > 1:1921789/1‑149 (MQ=255) cacaTCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGa < 1:1179160/149‑1 (MQ=255) cacaTCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGa < 2:3214675/149‑1 (MQ=255) acaTCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAg > 1:1404107/1‑149 (MQ=255) acaTCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAg > 1:2388333/1‑149 (MQ=255) aTCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTa > 2:3356848/1‑149 (MQ=255) tcttctTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTaa < 1:4570242/149‑1 (MQ=255) tcttctTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTaa < 2:160811/149‑1 (MQ=255) ttcttcGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTAACa < 1:3218049/149‑1 (MQ=255) cttcGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTAACATc > 1:130763/1‑149 (MQ=255) cttcGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTAACATc > 1:2412524/1‑149 (MQ=255) tcGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTAACATCGc > 1:4309576/1‑149 (MQ=255) gCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTAACATCGCtt < 1:4771106/149‑1 (MQ=255) 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gCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTAACATCGCTTTTCACGCCTGCTTCCCATGCACTACGCGCACCTTGCTTATc > 2:4600440/1‑149 (MQ=255) gCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTAACATCGCTTTTCACGCCTGCTTCCCATGCACTACGCGCACCTTGCTTATc > 2:1368592/1‑149 (MQ=255) gTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTAACATCGCTTTTCACGCCTGCTTCCCATGCACTACGCGCACCTTGCTTATCAcc > 2:525502/1‑149 (MQ=255) gTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTAACATCGCTTTTCACGCCTGCTTCCCATGCACTACGCGCACCTTGCTTATCAcc > 2:1926293/1‑149 (MQ=255) cTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTAACATCGCTTTTCACGCCTGCTTCCCATGCACTACGCGCACCTTGCTTATCACCttt < 1:2239135/149‑1 (MQ=255) 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cATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTAACATCGCTTTTCACGCCTGCTTCCCATGCACTACGCGCACCTTGCTTATCACCTTTGCTCAGCAATGCTTCACCACGCAgg < 1:4410058/149‑1 (MQ=255) cATAGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTAACATCGCTTTTCACGCCTGCTTCCCATGCACTACGCGCACCTTGCTTATCACCTTTGCTCAGCAATGCTTCACCACGCAgg > 2:1052318/1‑149 (MQ=255) | CTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATCGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTAACATCGCTTTTCACGCCTGCTTCCCATGCACTACGCGCACCTTGCTTATCACCTTTGCTCAGCAATGCTTCACCACGCAGG > CP009273/2631866‑2632157 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |