Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,680,109 | G→T | 5.3% | D306Y (GAT→TAT) | hmp → | fused nitric oxide dioxygenase/dihydropteridine reductase 2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,680,109 | 0 | G | T | 5.3% | 1177.0 / 23.7 | 299 | D306Y (GAT→TAT) | hmp | fused nitric oxide dioxygenase/dihydropteridine reductase 2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (141/142); new base T (4/12); total (145/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
GCAGATGACACACCAGTGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTGGTATCGTCAGCCGAGCGAAGCCGATCGCGCTAAAGGTCAGTTTGATAGCGAAGGTCTGATGGATTTGAGCAAACTGGAAGGTGCGTTCAGCGATCC > CP009273/2679962‑2680257 | gCAGATGACACACCAGTGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGa < 1:322265/149‑1 (MQ=255) cAGATGACACACCAGTGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGAt < 2:4564845/149‑1 (MQ=255) gATGACACACCAGTGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGa > 1:1219835/1‑149 (MQ=255) tGACACACCAGTGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAg < 1:2755211/149‑1 (MQ=255) gACACACCAGTGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGt < 1:4686181/149‑1 (MQ=255) ccAGTGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCTATGAAGTTAAGGa < 1:3747347/149‑1 (MQ=255) ccAGTGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGa > 2:2336672/1‑149 (MQ=255) ccAGTGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGa > 1:543942/1‑149 (MQ=255) cAGTGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGaa < 1:1083006/149‑1 (MQ=255) cAGTGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGaa < 1:1082896/149‑1 (MQ=255) tGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGACGTTAAGGAACTg > 1:1320823/1‑149 (MQ=255) tGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTg < 1:4105538/149‑1 (MQ=255) gACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTgg > 1:478329/1‑149 (MQ=255) aCGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTggg > 1:1988920/1‑149 (MQ=255) aaTCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGt < 1:4083329/149‑1 (MQ=255) ctctGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCAc < 2:66812/149‑1 (MQ=255) ctGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTg < 1:721776/149‑1 (MQ=255) ggTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCcgcg > 2:1734563/1‑149 (MQ=255) tgtTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCt < 2:3519243/149‑1 (MQ=255) tgtTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCt < 2:2176479/149‑1 (MQ=255) gtTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCtt < 1:3163433/149‑1 (MQ=255) ttGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCttt < 2:2746172/149‑1 (MQ=255) ttGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCttt < 2:928076/149‑1 (MQ=255) ttGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCttt < 2:3316192/149‑1 (MQ=255) ggTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTAc > 2:162914/1‑149 (MQ=255) ggTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTAc < 2:2108550/149‑1 (MQ=255) ggTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTAc < 1:3504157/149‑1 (MQ=255) ccAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCacac > 2:2782347/1‑149 (MQ=255) cAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACAcc < 2:2659394/149‑1 (MQ=255) aaTGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCt > 2:3206497/1‑149 (MQ=255) tGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTgg > 1:2399290/1‑149 (MQ=255) gCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTGGt < 1:1398454/149‑1 (MQ=255) cTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACTAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTGGTa < 1:3461536/149‑1 (MQ=255) tGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTGGTAt < 1:2561467/149‑1 (MQ=255) ggCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTGGTATc > 2:4485773/1‑149 (MQ=255) cAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCTATGAAGTTAAGGACCTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTGGTATCGt < 2:3873887/149‑1 (MQ=255) aaTGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTGGTATCGTc < 2:1382979/149‑1 (MQ=255) aTGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCTATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTGGTATCGTCa > 1:3091676/1‑149 (MQ=255) aTGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTGGTATCGTCa > 1:1453725/1‑149 (MQ=255) gCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTGGTATCGTCAGc > 1:3940315/1‑149 (MQ=255) gACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTGGTATCGTCAGCCGAg > 1:3267439/1‑149 (MQ=255) gACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTGGTATCGTCAGCCGAg > 1:4498960/1‑149 (MQ=255) acacGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCGCGCTTTACCGCGCACACCTGGTATCGTCAGCCGAGc > 1:2014027/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |