| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,780,652 | A→T | 6.7% | pseudogene (897/2253 nt) | ygaQ → | uncharacterized protein; putative enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,780,652 | 0 | A | T | 6.7% | 915.0 / 42.2 | 284 | pseudogene (897/2253 nt) | ygaQ | uncharacterized protein; putative enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (131/134); new base T (8/11); total (139/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
TGACAACTTTCCGCGCCGACGGACCAGAAACTCCCGAAGAAGAAAAGGGTTACTGGTTTCATGCTTATCAACCCGAAGATCTTTGTACCATCCATAATCCAATGGGAGATTTGCAGGATTTTATTGCATTGGTTAAAGATGCTAAAAAATTTGGTATCGATATCATTCCTGATTATACCTTTAACTTTATGGGAATTGGGGGTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTC > CP009273/2780504‑2780800 | tGACAACTTTCCGCGCCGACGGACCAGAAACTCCCGAAGAAGAAAAGGGTTACTGGTTTCATGCTTATCAACCCGAAGATCTTTGTACCATCCATAATCCAATGGGAGATTTGCAGGATTTTATTGCATTGGTTAAAGATGCTaaaaaa < 2:1209320/149‑1 (MQ=255)tGACAACTTTCCGCGCCGACGGACCAGAAACTCCCGAAGAAGAAAAGGGTTACTGGTTTCATGCTTATCAACCCGAAGATCTTTGTACCATCCATAATCCAATGGGAGATTTGCAGGATTTTATTGCATTGGTTAAAGATGCTaaaaaa < 2:222212/149‑1 (MQ=255) aCAACTTTCCGCGCCGACGGACCAGAAACTCCCGAAGAAGAAAAGGGTTACTGGTGTCATGCTTATCAACCCGAAGATCTTTGTACCATCCATAATCCAATGGGAGATTTGCAGGATTTTATTGCATTGGTTAAAGATGCTAAAAAAtt > 1:4488407/1‑149 (MQ=255) 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aTTGGTTAAAGATGCTAAAAAATTTGGTATCGATATCATTCCTGATTATACCTTTAACTTTATGGGAATTGGGGGTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTa > 2:2190695/1‑149 (MQ=255) gTTAAAGATGCTAAAAAATTTGGTATCGATATCATTCCTGATTATACCTTTAACTTTATGGGAATTGGGGGTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATccc < 1:3611229/149‑1 (MQ=255) tAAAGATGCTAAAAAATTTGGTATCGATATCATTCCTGATTATACCTTTAACTTTATGGGAATTGGGGGTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTg < 2:1806152/149‑1 (MQ=255) aGATGCTAAAAAATTTGGTATCGATATCATTCCTGATTATACCTTTAACTTTATGGGAATTGGGGGTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCt > 1:361524/1‑149 (MQ=255) aGATGCTAAAAAATTTGGTATCGATATCATTCCTGATTATACCTTTAACTTTATGGGAATTGGGGGTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCt < 2:1012868/149‑1 (MQ=255) 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aaaaaTTTGGTATCGATATCATTCCTGATTATACCTTTATCTTTATGGGAATTGGGGGTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCaa < 2:235825/149‑1 (MQ=255) aaaaTTTGGTATCGATATCATTCCTGATTATACCTTTAACTTTATGGGAATTGGGGGTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAg > 1:2497908/1‑149 (MQ=255) | TGACAACTTTCCGCGCCGACGGACCAGAAACTCCCGAAGAAGAAAAGGGTTACTGGTTTCATGCTTATCAACCCGAAGATCTTTGTACCATCCATAATCCAATGGGAGATTTGCAGGATTTTATTGCATTGGTTAAAGATGCTAAAAAATTTGGTATCGATATCATTCCTGATTATACCTTTAACTTTATGGGAATTGGGGGTAGTGGTAAAAATGACCTGGATTATCCCTCTGCTGATATACGAGCGAAGATCAGTAAAGATATAGAAGGTGGTATCCCTGGCTATTAGCAAGGTC > CP009273/2780504‑2780800 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |