Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,884,385 | G→T | 84.9% | V291V (GTC→GTA) | cysJ ← | sulfite reductase, alpha subunit, flavoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,884,385 | 0 | G | T | 84.9% | 600.5 / 120.7 | 263 | V291V (GTC→GTA) | cysJ | sulfite reductase, alpha subunit, flavoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/32); new base T (95/128); total (103/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.89e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
GTTTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGTCTTTTTCAGAGTTACGCCCGGTAATTTTCTGGTTA > CP009273/2884239‑2884529 | cACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGt > 1:799156/1‑149 (MQ=255) cTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTc < 1:1009930/149‑1 (MQ=255) cGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCttt < 2:3835223/149‑1 (MQ=255) cGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCttt < 1:3447336/149‑1 (MQ=255) cGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCttt < 1:3447306/149‑1 (MQ=255) gggTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTc > 1:676120/1‑149 (MQ=255) gggTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCCTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTc < 2:2895297/149‑1 (MQ=255) ggTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCa > 1:2879658/1‑149 (MQ=255) gTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGc < 2:3591859/149‑1 (MQ=255) 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gTTCTACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGTCTTTTTCAGAGTTACGCCCGGTAATTTTCTGGTTa > 2:3525980/1‑149 (MQ=255) | GTTTCACTGCGGGTAAGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTTCAGAGGCAACGTTTTGCCCTCGACGGTGACAGGTTCATCGCCTTTCAGCCACAGCAGTTCGACAAGTTCTTTCACCAGTGCCGGATCGTTCTGATACCAGACGCCCAGCGCGTCACCCGGCTGGTAACGCATGCCCGAGTCACCTAAGTCAATTTCGATATGGCGAACGTCTTTTTCAGAGTTACGCCCGGTAATTTTCTGGTTA > CP009273/2884239‑2884529 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |