Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,917,972 | C→T | 10.6% | intergenic (‑89/+122) | csrB ← / ← syd | CsrA‑binding sRNA, antagonizing CsrA regulation/SecY‑interacting protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,917,972 | 0 | C | T | 10.6% | 1095.9 / 85.1 | 351 | intergenic (‑89/+122) | csrB/syd | CsrA‑binding sRNA, antagonizing CsrA regulation/SecY‑interacting protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (140/170); new base T (16/21); total (157/194) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
Only 100 of 354 total aligned reads displayed.
TGTGTCCTGCAGAAGTGTCATCATCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGCTTAAGTTGATTAAG > CP009273/2917824‑2918120 | gtCCTGCAGAAGTGTCATCATCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAAt < 1:4233978/149‑1 (MQ=255) gCAGAAGTGTCATCATCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAATAATCAACa < 2:1882138/149‑1 (MQ=255) gCAGAAGTGTCATCATCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACa < 1:1928563/149‑1 (MQ=255) aGAAGTGTCATCATCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACAtt > 1:3769618/1‑149 (MQ=255) aGAAGTGTCATCATCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACAtt < 1:2478598/149‑1 (MQ=255) aGAAGTGTCATCATCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACAtt < 1:755125/149‑1 (MQ=255) aGAAGTGTCATCATCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACAtt > 1:648693/1‑149 (MQ=255) gAAGTGTCATCATCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACAttt < 2:3329650/149‑1 (MQ=255) aaGTGTCATCATCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACAtttt < 1:2621729/149‑1 (MQ=255) aGTGTCATCATCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTg < 1:1140487/149‑1 (MQ=255) aGTGTCATCATCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTg > 1:4193042/1‑149 (MQ=255) gtgtCATCATCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGa < 1:1012715/149‑1 (MQ=255) tgtCATCATCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAATAATCAACATTTTGAt < 2:1243318/149‑1 (MQ=255) gtCATCATCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGAtt < 2:1273728/149‑1 (MQ=255) tcatcaTCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAATAATCAACATTTTGAttt > 1:28357/1‑149 (MQ=255) tcatcaTCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGAttt > 2:2301933/1‑149 (MQ=255) tcatcaTCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGAttt < 2:2886129/149‑1 (MQ=255) catcatCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGAtttt > 2:673544/1‑149 (MQ=255) tcatcCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAATAATCAACATTTTGATTTTaa > 1:4390975/1‑149 (MQ=255) tcatcCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTaa > 2:2012257/1‑149 (MQ=255) tcCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATg < 1:289127/149‑1 (MQ=255) ccTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAATAATCAACATTTTGATTTTAAATGa < 2:2657872/149‑1 (MQ=255) cTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAAAAATCAACATTTTGATTTTAAATTaa > 2:4590995/1‑149 (MQ=255) gATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGaaaa < 2:3994056/149‑1 (MQ=255) ttCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAAc < 2:593699/149‑1 (MQ=255) tctcTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGAGAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACg < 2:4231243/146‑1 (MQ=255) cACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGa < 2:401919/149‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTATTTCGCGAAGTCTAACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGAt < 2:3679209/149‑1 (MQ=255) cTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAATGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGAtt > 2:1656995/1‑149 (MQ=255) tGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATc < 1:3564994/149‑1 (MQ=255) cTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCttt < 2:4691908/149‑1 (MQ=255) cTCCCTGTCGACGAATATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTaa < 1:2498477/149‑1 (MQ=255) tCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAg > 1:1602136/1‑149 (MQ=255) cTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAATAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTAt < 2:4517405/149‑1 (MQ=255) cTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTAt > 2:2136888/1‑149 (MQ=255) tGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTAtt > 2:1477043/1‑149 (MQ=255) gTCGACGAAGAGAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTc < 2:3850178/149‑1 (MQ=255) cgacgaAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGc < 1:2080053/149‑1 (MQ=255) gacgaAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCt < 1:364548/149‑1 (MQ=255) cgaAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAATAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTa < 2:1165686/149‑1 (MQ=255) gaAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTAt < 2:2495058/149‑1 (MQ=255) aaGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAAGCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTAtt < 1:1259357/149‑1 (MQ=255) gATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTc < 1:2656336/149‑1 (MQ=255) tAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAATAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCt < 2:3777254/149‑1 (MQ=255) aGACTCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACACGGCGCTTACAGACAAGGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTg < 1:3006426/149‑1 (MQ=255) aGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTg < 2:642288/149‑1 (MQ=255) aGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTg > 2:3871756/1‑149 (MQ=255) gAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAATAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTgg < 2:2282637/149‑1 (MQ=255) aTCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAATAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCg > 2:4147297/1‑149 (MQ=255) tCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGa < 2:547748/149‑1 (MQ=255) tCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAATGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGAtct < 1:1813843/149‑1 (MQ=255) tCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGAtct > 1:110642/1‑149 (MQ=255) gcgAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACaga > 2:2437013/1‑149 (MQ=255) aGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCt > 1:4092952/1‑149 (MQ=255) aGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCt > 1:4012349/1‑149 (MQ=255) tCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGt > 1:331539/1‑149 (MQ=255) ttACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTaa > 1:1761507/1‑149 (MQ=255) aCAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAaga > 1:3261421/1‑149 (MQ=255) aaGGCGCTTACACAAAATGCCATAAGGAAAATTTCATATTAAATTTAATATTTAAAAAAAAACATTTTTATTTTAATTGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCGACAGAGTCTGTAAgaga < 1:1017985/149‑1 (MQ=255) aGGCGCTTACCGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGAt < 1:1501723/149‑1 (MQ=255) cTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGAtctctc < 2:74363/149‑1 (MQ=255) cTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGAtctctc > 2:2027996/1‑149 (MQ=255) cTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAAAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGAtctctc > 1:4299728/1‑149 (MQ=255) cTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAAAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTAGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGAtctctc > 1:981817/1‑149 (MQ=255) ttACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTCAGAGATCTCTca > 2:3080113/1‑149 (MQ=255) ttACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTca > 1:1177983/1‑149 (MQ=255) aGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTACGAGATCTCTCACAAc > 1:2238612/1‑149 (MQ=255) aGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAAc > 1:4103536/1‑149 (MQ=255) aCAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCa > 2:95535/1‑149 (MQ=255) aCAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCa < 2:1081876/149‑1 (MQ=255) aaTGCCTTAAGTAAAATTTCATATGAAATTTAAGAATTAACAATCAACATTTTTATTTTAATTGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGa < 1:3755205/149‑1 (MQ=255) aTGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGAt > 1:3407261/1‑149 (MQ=255) tGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATg < 1:2368689/149‑1 (MQ=255) ccTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATggg < 1:1309549/149‑1 (MQ=255) attaattaaaaTTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATgggg < 1:2981561/142‑1 (MQ=255) tAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTa < 1:1849376/149‑1 (MQ=255) tAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAAACAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTa < 2:501786/149‑1 (MQ=255) aaGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTACGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTAt > 2:3546699/1‑149 (MQ=255) aGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTAtt > 1:4571806/1‑149 (MQ=255) gAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTAGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGAGGGGGTATTTg > 2:3345615/1‑149 (MQ=255) aaaaTTTCATATGAAAGTTAAGAATTAATAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTgg > 2:2188102/1‑149 (MQ=255) aaTTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGAt < 1:4718173/149‑1 (MQ=255) aTTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGAtt < 1:1455603/149‑1 (MQ=255) ttCATATGAAAGTTAAGAATTAATAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTAc > 1:2309463/1‑149 (MQ=255) ttCATATGAAAGTTAAGAATTAATAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTAc < 1:1073011/149‑1 (MQ=255) ttCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTAc > 2:1860999/1‑149 (MQ=255) atatGAAAGTTAAGAATTAATAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACagt > 2:3234531/1‑148 (MQ=255) atatGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACaga > 2:2737589/1‑149 (MQ=255) tatGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTCTTTGGATTACagac > 1:4487960/1‑148 (MQ=255) tGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACagaaga < 2:2039925/149‑1 (MQ=255) aaGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGc < 1:3149781/149‑1 (MQ=255) tAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGCTTaa > 2:3030142/1‑149 (MQ=255) aaGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGCTTAAg < 1:3796147/149‑1 (MQ=255) gAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGCTTAAGtt < 2:2951148/149‑1 (MQ=255) aaTTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGCTTAAGTTg > 1:4332393/1‑149 (MQ=255) aaTTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGCTTAAGTTg > 1:2189761/1‑149 (MQ=255) aTTAATAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTACTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGATTAAGTTGa > 2:3517486/1‑149 (MQ=255) aTTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGCTTAAGTTGa > 1:1440270/1‑149 (MQ=255) tAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGCTTAAGTTGAtt < 1:2783478/149‑1 (MQ=255) aCAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGCTTAAGTTGATTaa > 1:600422/1‑149 (MQ=255) | TGTGTCCTGCAGAAGTGTCATCATCCTGATGTTCACTTCGTTGTCTGACTCCCTGTCGACGAAGATAGAATCGTCTTTTTCGCGAAGTCTTACAAGGCGCTTACAGACAATGCCTTAAGGAAAATTTCATATGAAAGTTAAGAATTAACAATCAACATTTTGATTTTAAATGAAAATAACGATTCTTATCTTTTTAAGTATTCGCTTATTTCCTGGCGATCTCCTACAGAGTCTGTAAGAGATCTCTCACAACCAGATGGGGTATTTGGATTACAGAAGAGGCTTAAGTTGATTAAG > CP009273/2917824‑2918120 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |