| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,921,245 | 0 | G | T | 86.0% | 637.4 / 111.5 | 271 | intergenic (+214/‑343) | ygdH/sdaC | UPF0717 family protein/putative serine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/24); new base T (132/101); total (146/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.42e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
ATTTCATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATGATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTGCGCGCCCCGGAAGAAGTCAGATGTCGTTTAATGGGCAAATATTGCCCTTAAATTCTCTTTTACTTTTGATTTACAGAGTAAAGCGTTGGGATAATCTATCTT > CP009273/2921097‑2921392 | ttcatttGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATGAt < 2:3431051/149‑1 (MQ=255) taatttGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTCTCGCCattatt > 2:1069043/3‑149 (MQ=255) gTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTaa > 2:3501856/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |