| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,980,488 | C→A | 86.7% | intergenic (+53/‑407) | yqeG → / → yqeH | putative transporter/putative LuxR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,980,488 | 0 | C | A | 86.7% | 540.2 / 67.7 | 223 | intergenic (+53/‑407) | yqeG/yqeH | putative transporter/putative LuxR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/19); new base A (87/104); total (100/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
ATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCATAACTTAGATTCGCAAGATATCTTCTG > CP009273/2980341‑2980632 | aTCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTAataata > 2:1695822/1‑149 (MQ=255) cccGGCTCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCGGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTCGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTAATAATAtt < 2:3319874/149‑1 (MQ=255) ccGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAAACTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAAATGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTAATAATAtta > 1:1825676/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |