| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,049,740 | C→A | 31.4% | L47L (CTC→CTA) | fau → | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,049,740 | 0 | C | A | 31.4% | 449.8 / 218.2 | 297 | L47L (CTC→CTA) | fau | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (99/104); new base A (49/45); total (148/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
TCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGAAGATCCATGAGC > CP009273/3049592‑3049888 | tCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTc > 2:333031/1‑149 (MQ=255)tCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCGGTATTCCGCTCTTTTGATGGCGAACTc > 2:2119906/1‑149 (MQ=255) aaTGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATATGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACAccc > 2:4401591/1‑149 (MQ=255) 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tGATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGa < 1:1797224/149‑1 (MQ=255) gATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGaa > 1:746795/1‑149 (MQ=255) gATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGaa < 2:3574828/149‑1 (MQ=255) gATGGCGAACTAGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGaa < 2:34540/149‑1 (MQ=255) ggCTAACTCGACACCCATCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGAGTATATCTTCCAGTATTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGTTTGAAGAt < 2:1379938/149‑1 (MQ=255) 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aCTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGAAGATCCATg < 1:2670482/149‑1 (MQ=255) cTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGAAGATCCATGa < 1:2512084/149‑1 (MQ=255) | TCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTTCCAGTTTTGCATCCCTTTAGTGCCGGTAATTTGCTGTTCCTGAATTACCATCCGCAAAGCGAACTGGTGATGAACAGGTTGAAGATCCATGAGC > CP009273/3049592‑3049888 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |