Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,059,577 | G→T | 12.0% | D473Y (GAT→TAT) | scpC → | propionyl‑CoA:succinate CoA transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,059,577 | 0 | G | T | 12.0% | 889.7 / 65.2 | 266 | D473Y (GAT→TAT) | scpC | propionyl‑CoA:succinate CoA transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (113/121); new base T (19/13); total (132/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
GATCATCACCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGATCTTCAGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTG > CP009273/3059429‑3059725 | tcaCCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCtt > 1:268158/1‑149 (MQ=255) caCCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTa > 2:1698579/1‑149 (MQ=255) caCCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTa > 1:2499600/1‑149 (MQ=255) aCCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAg < 2:845385/149‑1 (MQ=255) aCCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAg > 2:1292179/1‑149 (MQ=255) aaCAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCAc > 1:4197460/1‑149 (MQ=255) cAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGt > 2:189527/1‑149 (MQ=255) aaGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTc < 1:3827240/149‑1 (MQ=255) 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aTCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGa < 1:1256809/149‑1 (MQ=255) tCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGAc > 1:1825121/1‑149 (MQ=255) cGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTac < 1:2053650/149‑1 (MQ=255) cGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTAACCACGATATTAGACACTTCTACGACTTac > 2:4705146/1‑149 (MQ=255) aTCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTacac > 2:3342178/1‑149 (MQ=255) 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tCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACTATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGc < 1:1907279/149‑1 (MQ=255) gCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCg < 1:420165/149‑1 (MQ=255) cTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCgg < 2:797163/149‑1 (MQ=255) aCGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCGATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGa > 2:2250284/1‑149 (MQ=255) cgcgCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGAt < 2:389396/149‑1 (MQ=255) 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cGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGATCTTCAGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCt < 1:2428288/149‑1 (MQ=255) cGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGATCTTCAGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCt < 1:1384859/149‑1 (MQ=255) | GATCATCACCGAACAAGGGATCGCCGATCTGCGCGGTCTTTCCCCGCTTCAACGCGCCCGCACTATCATTGATAATTGTGCACATCCTATGTATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGATCTTCAGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTG > CP009273/3059429‑3059725 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |