| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,093,860 | C→A | 28.5% | V76V (GTG→GTT) | ansB ← | periplasmic L‑asparaginase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,093,860 | 0 | C | A | 28.5% | 626.7 / 223.6 | 315 | V76V (GTG→GTT) | ansB | periplasmic L‑asparaginase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (112/113); new base A (44/46); total (156/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
CACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAA‑TTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCTCGCCTTTAACGTTCGCAATGTCTTTTAGTTGCGGCACCGCATTAACCAGATTTTCTACGCCAACTTTACCCACTGTGTAGTTAGATTTGGTTGCGGAGTCACCACCACCGGCAATGGTCCCGCCGGTTGCTAAAATGG > CP009273/3093713‑3094008 | cACCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAA‑TTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCa > 2:628986/1‑149 (MQ=255) aCCGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAA‑TTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCCGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTAAc > 1:853342/1‑149 (MQ=255) ccGTCAGGTCGAGGAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAA‑TTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACt < 1:2114051/149‑1 (MQ=255) 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ggAAGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAA‑TTTTTTTAGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCTCGCCt > 1:1255477/1‑149 (MQ=255) aaGTAAGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAA‑TTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTAACTACCTGCTCGCCttt < 1:4231142/149‑1 (MQ=255) aGCAGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAA‑TTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTAACTACCTGCTCGCCTTTAACGt > 2:3387352/1‑149 (MQ=255) aGTTTCTTCCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAA‑TTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCTCGCCTTTAACGTTCg < 1:593597/149‑1 (MQ=255) ttcttcCATCGTGTCGGTACCGTGGGTAATGACGAAGCCGTCGGTCTTATCGCAGTCGGTGTTAA‑TTTTTTTCGCCAGTGTCAGCCAGACATTATCGTTCATGTCCTGGGAGCCGATATTCACTACCTGCTCGCCTTTAACGTTCGCaa < 2:1497805/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |