| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 248,486 | C→A | 85.3% | intergenic (+46/‑6) | dinB → / → yafN | DNA polymerase IV/antitoxin of the YafO‑YafN toxin‑antitoxin system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 248,486 | 0 | C | A | 85.3% | 587.7 / 113.7 | 258 | intergenic (+46/‑6) | dinB/yafN | DNA polymerase IV/antitoxin of the YafO‑YafN toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/15); new base A (96/124); total (119/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.71e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.63e-01 | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
CCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCATTCGAAG > CP009273/248340‑248633 | gggATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGt < 1:3090788/149‑1 (MQ=255) gggATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGt > 2:1021276/1‑149 (MQ=255) gAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATATTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCa > 2:3989655/1‑149 (MQ=255) 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atTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGat > 2:2529968/1‑149 (MQ=255) ttCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGata < 1:1301341/149‑1 (MQ=255) tGGTGTGCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAACAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATAtct < 2:860638/149‑1 (MQ=255) gtgCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTa > 2:1873880/1‑149 (MQ=255) tgCATTATTATGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTaa > 1:2007291/1‑149 (MQ=255) ttattaTGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGc > 2:3372832/1‑149 (MQ=255) tattatGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGcc < 1:4411905/149‑1 (MQ=255) atGAGGGTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAAAAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAgcg > 2:2736501/1‑149 (MQ=255) gggTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATATTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCAtt < 1:2636626/149‑1 (MQ=255) ggTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCATTc > 2:2705662/1‑149 (MQ=255) gTATAACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCATTCg > 2:1178190/1‑149 (MQ=255) tCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCATTCGAAg > 1:3788926/1‑149 (MQ=255) | CCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGCCAGCGCATTCGAAG > CP009273/248340‑248633 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |