| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,147,909 | G→A | 11.0% | G172D (GGC→GAC) | fabF → | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,147,909 | 0 | G | A | 11.0% | 1218.9 / 107.8 | 382 | G172D (GGC→GAC) | fabF | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (181/159); new base A (22/20); total (203/179) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 384 total aligned reads displayed.
GATGAACGGTGGTCCACGTAAGATCAGCCCATTCTTCGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGCGCGTATTATCGCGTATGGCGATGCTGACGTGATGGTTGCAGGTGGCGCAGAGAAAGCCAGTACGCCGCTGGGCGTTGGTGGTTTTGGCGCGGCACGTGCATTATCTACCCGCAATGATAACCCGCAAGCGGCGAGCCGCC > CP009273/1147760‑1148058 | tgaACGGTGGTCCACGTAAGATCAGCCCATTCTTCGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGAcc > 1:3707883/1‑150 (MQ=255) gaACGGTGGTCCACGTAAGATCAGCCCATTCTTCGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGGCCa < 1:2223668/150‑1 (MQ=255) aCGGTGGTCCACGTAAGATCAGCCCATTCTTCGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGACCAtg < 1:2795565/150‑1 (MQ=255) ggtggtCCACGTAAGATCAGCCCATTCTTCGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGGCCAtgct > 1:3250357/1‑150 (MQ=255) tCCACGTAAGATCAGCCCATTCTTCGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGcgcg < 2:4938788/150‑1 (MQ=255) cACGTAAGATCAGCCCATTCTTCGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGCGCGta > 2:4381315/1‑150 (MQ=255) cACGTAAGATCAGCCCATTCTTCGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGCGCGta > 1:182127/1‑150 (MQ=255) gTAAGATCAGCCCATTCTTCGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGCGCGtatta > 1:5099682/1‑150 (MQ=255) aaGATCAGCCCATTCTTCGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGCGCGTATTATc < 1:2765538/150‑1 (MQ=255) aGATCAGCCCATTCTTCGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGCGCGTATTATcg > 1:4133839/1‑150 (MQ=255) aGATCAGCCCATTCTTCGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGCGCGTATTATcg > 1:5152511/1‑150 (MQ=255) tCAGCCCATTCTTCGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGCGCGTATTATCGCGt > 1:4955741/1‑150 (MQ=255) agaccATTCTTCGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGCGCGTATTATCGCGTAt > 1:3436524/4‑150 (MQ=255) aGCCCATTCTTCGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGCGCGTATTATCGCGTAt > 1:2631700/1‑150 (MQ=255) aGCCCATTCTTCGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGCGCGTATTATCGCGTAt > 1:686937/1‑150 (MQ=255) ttcttcGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGCGCGTATTATCGCGTATGGCGAt < 1:928991/150‑1 (MQ=255) ttcttcGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGCGCGTATTATCGCGTATGGCGAt < 2:3782370/150‑1 (MQ=255) tcttcGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGCGCGTATTATCGCGTATGGCGATg < 1:3171976/150‑1 (MQ=255) 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ttCCGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGCGCGTATTATCGCGTATGGCGATGCTGACGTGATGGTTGCAGGTGGCGCAGAGAAAGCCAGTACGCCGCTGGGCGTTGGTGGTTTTGGCGCGGCACGTGCATTATCTACCCGCAATGATaa > 1:2407492/1‑150 (MQ=255) gtCCGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGCGCGTATTATCGCGTATGGCGATGCTGACGTGATGGTTGCAGGTGGCGCAGAGAAAGCCAGTACGCCGCTGGGCGTTGGTGGTTTTGGCGCGGCACGTGCATTATCTACCCGCAATGATaa < 2:2875827/149‑1 (MQ=255) tCCGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGCGCGTATTATCGCGTATGGCGATGCTGACGTGATGGTTGCAGGTGGCGCAGAGAAAGCCAGTACGCCGCTGGGCGTTGGTGGTTTTGGCGCGGCACGTGCATTATCTACCCGCAATGATAAc < 2:1324874/150‑1 (MQ=255) cGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGCGCGTATTATCGCGTATGGCGATGCTGACGTGATGGTTGCAGGTGGCGCAGAGAAAGCCAGTACGCCGCTGGGCGTTGGTGGTTTTGGCGCGGCACGTGCATTATCTACCCGCAATGATAAccc > 1:4249658/1‑150 (MQ=255) cacaACATTGGCCATGCTGCGCGTATTATCGCGTATGGCGATGCTGACGTGATGGTTGCAGGTGGCGCAGAGAAAGCCAGTACGCCGCTGGGCGTTGGTGGTTTTGGCGCGGCACGTGCATTATCTACCCGCAATGATAACCCGCAAgcg > 1:2720725/1‑150 (MQ=255) cacaACATTGGCCATGCTGCGCGTATTATCGCGTATGGCGATGCTGACGTGATGGTTGCAGGTGGCGCAGAGAAAGCCAGTACGCCGCTGGGCGTTGGTGGTTTTGGCGCGGCACGTGCATTATCTACCCGCAATGATAACCCGCAAgcg > 2:1205797/1‑150 (MQ=255) caacaTTGGCCATGCTGCGCGTATTATCGCGTATGGCGATGCTGACGTGATGGTTGCAGGTGGCGCAGAGAAAGCCAGTACGCCGCTGGGCGTTGGTGGTTTTGGCGCGGCACGTGCATTATCTACCCGCAATGATAACCCGCAAgcggc < 2:971815/150‑1 (MQ=255) acaTTGGCCATGCTGCGCGTATTATCGCGTATGGCGATGCTGACGTGATGGTTGCAGGTGGCGCAGAGAAAGCCAGTACGCCGCTGGGCGTTGGTGGTTTTGGCGCGGCACGTGCATTATCTACCCGCAATGATAACCCGCAAGCGGCGa > 2:4314150/1‑150 (MQ=255) caTTGGCCATGCTGCGCGTATTATCGCGTATGGCGATGCTGACGTGATGGTTGCAGGTGGCGCAGAGAAAGCCAGTACGCCGCTGGGCGTTGGTGGTTTTGGCGCGGCACGTGCATTATCTACCCGCAATGATAACCCGCAAGCGGCGAg < 1:836213/150‑1 (MQ=255) aTTGACCATGCTGCGCGTATTATCGCGTATGGCGATGCTGACGTGATGGTTGCAGGTGGCGCAGAGAAAGCCAGTACGCCGCTGGGCGTTGGTGGTTTTGGCGCGGCACGTGCATTATCTACCCGCAATGATAACCCGCAAGCGGCGAgc > 2:4807618/1‑150 (MQ=255) ttGGCCATGCTGCGCGTATTATCGCGTATGGCGATGCTGACGTGATGGTTGCAGGTGGCGCAGAGAAAGCCAGTACGCCGCTGGGCGTTGGTGGTTTTGGCGCGGCACGTGCATTATCTACCCGCAATGATAACCCGCAAGCGGCGAgcc < 1:1544909/150‑1 (MQ=255) ttGACCATGCTGCGCGTATTATCGCGTATGGCGATGCTGACGTGATGGTTGCAGGTGGCGCAGAGAAAGCCAGTACGCCGCTGGGCGTTGGTGGTTTTGGCGCGGCACGTGCATTATCTACCCGCAATGATAACCCGCAAGCGGCGAgcc < 1:1303274/150‑1 (MQ=255) | GATGAACGGTGGTCCACGTAAGATCAGCCCATTCTTCGTTCCGTCAACGATTGTGAACATGGTGGCAGGTCATCTGACTATCATGTATGGCCTGCGTGGCCCGAGCATCTCTATCGCGACTGCCTGTACTTCCGGCGTGCACAACATTGGCCATGCTGCGCGTATTATCGCGTATGGCGATGCTGACGTGATGGTTGCAGGTGGCGCAGAGAAAGCCAGTACGCCGCTGGGCGTTGGTGGTTTTGGCGCGGCACGTGCATTATCTACCCGCAATGATAACCCGCAAGCGGCGAGCCGCC > CP009273/1147760‑1148058 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |