| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,282,599 | G→T | 6.2% | noncoding (94/171 nt) P12T (CCA→ACA) ‡ |
rttR ← tpr ← |
rtT sRNA, processed from tyrT transcript protamine‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,282,599 | 0 | G | T | 6.2% | 565.6 / 13.2 | 209 | noncoding (94/171 nt) P12T (CCA→ACA) ‡ | rttR tpr | rtT sRNA, processed from tyrT transcript protamine‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (73/110); new base T (6/13); total (81/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
TCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGAT > CP009273/1282451‑1282746 | tcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGGGGCAACCCTCACTCGCGGgc > 1:2158620/1‑150 (MQ=14) cATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGGCGGCGGCCACGCTCTCACCCTGgcg > 1:4378162/1‑150 (MQ=14) aTCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTGGCCGGCGGCCACCCACCCACGCCGgcgc > 1:2911839/1‑150 (MQ=14) ccTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCCGCCACGCACACACGCGGgcgccc > 1:3767201/1‑148 (MQ=14) ccTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGATTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTc < 2:4870133/150‑1 (MQ=255) cTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCGAAGCTCGCAAGCTTgcgcgcc > 2:3811775/1‑147 (MQ=14) cTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGAGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGACGCAAAGCTCTCTCGCTTgcgcgac > 2:1086998/1‑147 (MQ=14) ccccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGt > 2:5372267/1‑150 (MQ=255) gCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCAACGCTCTCACGCTGGCGCTCGAGTC‑gca > 2:3924276/1‑148 (MQ=255) gCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTAATCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCtcgaatc‑gaa > 2:4722623/1‑150 (MQ=14) cATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGGCTGGCGCAACGCACAAACCCAGGCGCCCGAGTC‑GGAc > 1:1968425/1‑150 (MQ=14) cATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACCCTCTATCCCAGGCGCTCCAATC‑Gaaa > 1:3220990/1‑149 (MQ=14) cAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCTTCGCTTCGCTCCTCTCCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATC‑GAACCTTAGt < 1:4722623/150‑1 (MQ=14) aGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTc < 1:2768350/150‑1 (MQ=255) aGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCGCTCTCGCTGGCGCACGAGTC‑GTACCTTGGTc > 2:166109/1‑150 (MQ=255) aGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCACCGGTCTCTCGCTTTCGCTCGAATC‑GAACCATAGTc > 2:3525141/1‑150 (MQ=14) gAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTAATCAGCGCTGCGCGCTTCTCCCTTCGGGGCGTTGCCTGTGGCAACGCTATCTAGCTTTCGCTCGACTC‑GAACCTTgggga > 2:1994499/1‑147 (MQ=14) atatTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCAGCGGCAACGCACACTCGCTGGCGCTCCAGTC‑GAACCCTGGTCGaa > 1:3618088/1‑150 (MQ=14) atTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTTCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCAGGCGCTCGAGTA‑GAACCTTGGTCGTAGc > 2:4401598/1‑150 (MQ=255) tGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAAACCTCTCACGCGGGCGCTCCAGTC‑GAAACATGGTCgcaacgta > 1:4436494/1‑143 (MQ=14) aTTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGGCGGCCGCAACCCACTCAAGCGGGCCCTCGCGTCGGAACATTGGT‑GAAGCtaaac > 2:2801233/1‑146 (MQ=14) aTTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTtctc < 2:3710660/150‑1 (MQ=255) aTTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCACGAGTC‑GAACCTTGGTCGTAGCTtctc > 2:3121278/1‑150 (MQ=255) 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agagTTCAGGGTCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATgg < 1:1612297/150‑1 (MQ=255) agagTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCACTCTCGCTGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCCTCCTTCCCCGCAAgg > 2:3683851/1‑150 (MQ=255) agacTTCAGGGCCTTTTGAAAGTGAGGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATgg < 1:59187/150‑1 (MQ=255) agTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGGGGCAAAGCTCTCTCGCTGGCCCAACCGTC‑GATCCTTGTGCGGAGCAACTCATACGTCCCCGCCTGGGc > 2:4660631/1‑150 (MQ=14) gggTCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAata < 1:3418788/150‑1 (MQ=37) 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ccTGCGGAACCGCGCTCTCGCTTGCGGTGGTGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCt < 1:920542/150‑1 (MQ=17) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCtt < 1:732540/150‑1 (MQ=255) gggggCATCGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTc < 1:3019451/147‑1 (MQ=255) cGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGa < 2:3322191/150‑1 (MQ=255) aggCAAAGCTCTGTCGCTGGAGCTCTAGAC‑TTTCCTATGACGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGTAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGa < 1:1750537/149‑1 (MQ=17) ggCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGAtt < 1:3125586/88‑1 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cGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtggtgg > 2:4244276/1‑120 (MQ=255) gCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGAt < 2:4378162/150‑1 (MQ=255) gCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGAt < 1:1493248/150‑1 (MQ=255) ctctctCGCTGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTtct < 2:1448425/42‑1 (MQ=38) ctctctCGCTGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAat < 1:3911929/66‑1 (MQ=40) tctctcGCTGTCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGa < 1:3480872/150‑1 (MQ=255) ctctcGCTGTCGCTCGAGCC‑GAACCTTCGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGAc < 1:1396997/150‑1 (MQ=255) ctcGCTGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACgg < 1:624041/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACGTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAg > 1:3504917/1‑150 (MQ=255) gCTGGCGCTCAAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAg < 1:3042814/150‑1 (MQ=255) cTGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGa > 2:1566888/1‑150 (MQ=255) tGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGTCCGAAAATTAAATAGCGGAGTCGTTTTGACGATCAGGGACTTTTGAAAGGTATGGGGGTGGGGGTAGGATTAGAACCTACGAAGTCGATTAcatcacat > 2:264133/1‑143 (MQ=12) tGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTTATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGAt < 2:1968425/150‑1 (MQ=255) tGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGTAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGCTTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGAt > 1:4701364/1‑150 (MQ=255) tGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAACGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGAt > 2:5034880/1‑150 (MQ=255) tGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAAACTTCGAAGTAGATGACGGCAGAt > 1:3993787/1‑150 (MQ=255) | TCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTC‑GAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGAT > CP009273/1282451‑1282746 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |