| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,463,920 | C→A | 10.8% | D437E (GAC→GAA) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,463,920 | 0 | C | A | 10.8% | 520.3 / 6.5 | 166 | D437E (GAC→GAA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (76/63); new base A (20/7); total (96/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.74e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
TTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTT > CP009273/2463771‑2464069 | tttGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGAc < 1:2469075/150‑1 (MQ=255) tGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTTTAAAATAATTAAAAGAAAAAAATACaa > 2:2180150/1‑150 (MQ=255) aaTATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTATTTTATAAAATAAATCAAAGAAAAAAAAACaaaat > 1:714721/1‑147 (MQ=255) ctatCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGc < 1:3018582/149‑1 (MQ=255) aTTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAATTAAAAAAAAACAATAAAAAATCGAAG‑Taaa > 2:1353092/1‑150 (MQ=255) tttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTTTTAAATTATTAAAATAAATAAAAACAAAATCGCTG‑Ttaata > 2:586350/1‑148 (MQ=255) tATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAATTAAAAGAAATAAAGAAAAAAGCGATG‑TAAATCAc > 2:3664747/1‑150 (MQ=255) tATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATAAAGAAAAAAGAGATG‑TAAATCAc > 2:1120975/1‑150 (MQ=255) tgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTATTTTTTAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAGACAAAAACCAAG‑TAAATAACTaac > 1:2950215/1‑149 (MQ=255) ttttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTaaa < 1:1760514/150‑1 (MQ=255) tttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAAt < 1:5132402/150‑1 (MQ=255) tCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTg < 2:3587569/150‑1 (MQ=255) tCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTg < 2:3587495/150‑1 (MQ=255) ggggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTAATTATAAAAAAATTAAAAAAAAACAAAACAAAAAAGATG‑TAAATCACAAATTTTTAAtttag > 1:905276/1‑147 (MQ=255) ggggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTgcg < 2:2711368/150‑1 (MQ=255) ggggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAATAAAAAAATACAAAATAGATG‑TTAATCAATAATTTTAAAtttag > 2:5485385/1‑147 (MQ=255) gggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAAAAAACAAGACAAAATCGAAG‑TAAAGCACAAAATTTAAATTtcgc > 2:875271/1‑150 (MQ=255) ggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATCAAAGAAATAAAAACAAAATCGATG‑TAAAGCACAAAGTTTAAATTtcgcg > 2:4135074/1‑150 (MQ=255) aGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCa < 2:88611/150‑1 (MQ=255) gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTTTAAAATAATTAAAATAAATAAAAACAAAATCGATT‑TAAAGAACACAGTTTAAAATGATCGCCaca > 2:1010432/1‑148 (MQ=255) ataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAAATAAAAGAAAAAAAAAAAAAATCGATT‑TAAAGGACAAATTTTTAATTTAGAGCCAATCaa > 1:356803/1‑149 (MQ=255) ataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATAAAAAGAAAAAAAGAAAATATCGATG‑TAAATCACTAAGTTTAAATTTCGCGCCCAACAt > 2:743027/1‑150 (MQ=255) agagATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATgg < 2:4873676/150‑1 (MQ=255) agagATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATgg < 1:2316567/150‑1 (MQ=255) gagaTTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTGTTTTTTTAAAATAATTAAAATAAATAAATAAAAATTCGATT‑TCAATCACAGAGTTTTTATTTGGCGCCAATCATGgc > 2:660414/1‑150 (MQ=255) gcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATG‑TAAATCAAAAAATTTAAAATTAGCGCCCAACAATGCGCGCACaaaaaaa > 2:4426835/1‑145 (MQ=255) atttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAATCAAATAAAAAAAAACAAAAGCCATG‑TAAAGCACAAACTTTAAATTTCCCCCCAAAAAAGGCCCCCAAAAACTataa > 2:317561/1‑150 (MQ=255) tatttGGAATTTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATAc < 2:2556497/150‑1 (MQ=255) atttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAATTAAAAATAATCAAGACAAAAACGAAT‑TTAAGCACTAATTTTAAATTTCGCGCCACTAATTTCGCGCACAATCTATAATAcc > 2:3469202/1‑150 (MQ=255) tGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAGAAAAAAAAAAAAAAGCGATG‑TAAATCACAAAGTTTAAAATTCGCGCCAATAATGGCGCGCACAAACCATAAAAACaaa > 2:4370022/1‑149 (MQ=255) tGTATTTTTCGTTGGAAGTTGTGTTATACTATACAGTGGTTTTTTTTATTTATAAAATATTAAAAATAAATATAGAAAATAGCGATG‑TAAAGAAATAAGTTTATTTTGGGCTCCATTAATGGCGAGCACAAGCTATAATACCAACCTAAt < 1:1203619/150‑1 (MQ=255) tGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACTGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATATTTCAAAGAAATCAAGAAAATAGCGATG‑TAAAGCAATAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAt < 1:1057217/150‑1 (MQ=255) tGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAACAAATAAATACAAAAGCGATG‑TAAATAACAAAGTTTAAATTGAGCGCCAAACAATGCGCCCACAAGCAAAAAAAACAACCaaaa > 2:2844882/1‑149 (MQ=255) tGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCAAT‑TAAAGCACAAAATTTAAATTGAGAGCCAAAAATGTCGCGCACAAACAATAATAACAACCaaaa > 2:2515920/1‑149 (MQ=255) tGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTAATTATAAAATAATTAAAAAAAATAAAGTAAAAATAGATT‑TAAAGGACTAAGTTTAAATTTAGCGCCCATAAATTGGCGCACAAGAAATAATAACaaaataaa > 2:77686/1‑144 (MQ=255) tGTATTTTTAGTTCGACCTTTGCTTATACAAAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAATACAATAGCGATG‑TAAAGAAATAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAt < 2:45018/150‑1 (MQ=255) aTTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAAAAAAAAAAAAATCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTTCGCGCCAATAATGGCGCGCACCAGCGATAATAACAAACAAAATtc > 2:358592/1‑150 (MQ=255) aTTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTCAAAGAAATAAAGACAATAGCGATG‑TAAATCACTAAGTTTAAATTTCGCGCCAATAAATGCGCGCCCAACCTAAAATAACAAACAAAttta > 2:326923/1‑149 (MQ=255) tttttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtct < 1:5038396/150‑1 (MQ=255) tttttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTAGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtct < 1:2627732/150‑1 (MQ=255) ttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 2:243458/150‑1 (MQ=255) agACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATATAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTCAAAAGCGCTT‑TAAAAAACAAAGTTTAAAATTCCCGCCAATCCTGTGGAGCACAAGCTATAAAACAAAACCAATTTCTGCACATCtt > 2:2680353/2‑150 (MQ=255) gACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTa < 2:1161446/150‑1 (MQ=255) acatttGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTag < 1:1220415/147‑1 (MQ=255) aCCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTag < 1:4135074/150‑1 (MQ=255) ttttCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGAAAATAGCGATG‑TAAAGCACTAATTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGt < 1:3962477/150‑1 (MQ=255) ttGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATATTTAAAATAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAATTTGCGCGCAAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTg < 1:3748285/150‑1 (MQ=255) gCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGAc < 2:2395278/150‑1 (MQ=255) tttATAAATAACTGTTTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATAAAGAAAATAGCGATT‑TAAAGAACTATTTTTAAATTGCGCGCCAATCTGGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACt < 1:1889995/149‑1 (MQ=255) aCATAACAGTCGTTTTTTTTAATTATAAAAAAAATAAAAGAAATAAACAAAAAATCGATGTTAATACAAAACTTTTAAATTGC‑CGCCAAAAATTGGGCGCACCAGCAATAATAAAAACCAAATATATACACCACTTATCGTGTCTatata > 2:3820185/1‑149 (MQ=255) gTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATa < 2:3897788/150‑1 (MQ=255) cGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 1:995627/1‑150 (MQ=255) cGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 1:995513/1‑150 (MQ=255) gTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa > 2:3499875/1‑150 (MQ=255) ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAtt > 2:5419969/1‑150 (MQ=255) tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg < 2:2465036/150‑1 (MQ=255) tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg < 2:2950249/150‑1 (MQ=255) tttttAATTTAAAAAATAATACAAAGAAATCAAGACAATATCTATG‑AAAAGAACAAAGTTTAAATTGCGAGCCACTCATGGCGCGCACAAGCAATAATACAAAACTAATATCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTACAGATATAATTg > 1:3295753/1‑150 (MQ=255) tttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCg > 1:4266665/1‑150 (MQ=255) tttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCg > 2:1741265/1‑150 (MQ=255) ttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCgg > 2:5114436/1‑150 (MQ=255) tAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt > 1:1293596/1‑150 (MQ=255) tAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt < 1:1705792/150‑1 (MQ=255) aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 2:4384064/1‑150 (MQ=255) aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 2:5234623/1‑150 (MQ=255) aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 2:5319738/1‑150 (MQ=255) aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 1:3481851/1‑150 (MQ=255) aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa < 2:3246476/150‑1 (MQ=255) aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 2:3128456/1‑150 (MQ=255) aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATATCTCCTCCTCTGAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTa > 2:5320705/1‑150 (MQ=255) ttATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTg < 2:4479678/150‑1 (MQ=255) tataAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGa > 1:4832780/1‑150 (MQ=255) aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTATGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt < 2:2019837/150‑1 (MQ=255) aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 1:989542/1‑150 (MQ=255) aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt < 2:1471821/150‑1 (MQ=255) aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 1:1943288/1‑150 (MQ=255) aataatTAAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc < 1:5281564/150‑1 (MQ=255) ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCACTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCa > 1:2105626/1‑150 (MQ=255) atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt < 2:3576636/150‑1 (MQ=255) taaaaGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc < 1:743027/148‑1 (MQ=255) cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc > 1:1404446/1‑150 (MQ=255) aaaGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCACTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCACCCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAGTGCGGTAGTGTCTAGCAAATGccc > 2:2975767/1‑150 (MQ=255) aataaaTCAAGAAAATAGCGATG‑TAAAGAACTAATTTTAAATGGCGCGCCAATCTTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCt < 1:1854758/147‑1 (MQ=255) aaGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCt > 1:4961190/1‑150 (MQ=255) aaGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCt > 1:2199682/1‑150 (MQ=255) aGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTg < 2:3440497/150‑1 (MQ=255) aGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTg < 1:3664747/150‑1 (MQ=255) aaaTCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAt < 2:3140011/150‑1 (MQ=255) aaTCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGAtt > 1:3572044/1‑150 (MQ=255) aTCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTc > 1:1264353/1‑150 (MQ=255) aaGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCgtt > 2:1910437/1‑150 (MQ=255) aaGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCgtt > 1:3337839/1‑150 (MQ=255) aaGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCgtt > 2:3115428/1‑150 (MQ=255) aaGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCgtt > 2:1901084/1‑150 (MQ=255) aaGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCgtt > 2:2586132/1‑150 (MQ=255) aaGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCggt > 2:4672397/1‑148 (MQ=255) gACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCgttgt > 2:3909269/1‑150 (MQ=255) aCAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCgttgtt < 2:1065251/150‑1 (MQ=255) aCAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCgttgtt > 2:4684525/1‑150 (MQ=255) cAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGttt > 2:3010600/1‑150 (MQ=255) | TTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTT > CP009273/2463771‑2464069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |