| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,263,895 | T→A | 5.2% | noncoding (57/377 nt) | rnpB ← | RNase P, M1 RNA component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,263,895 | 0 | T | A | 5.2% | 1420.5 / 5.2 | 407 | noncoding (57/377 nt) | rnpB | RNase P, M1 RNA component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (152/215); new base A (28/3); total (188/219) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 438 total aligned reads displayed.
GCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCA > CP009273/3263746‑3264043 | gcgGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTcctcccctcc < 1:141799/150‑1 (MQ=255) gcgGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTcctcccctcc < 1:4606706/150‑1 (MQ=255) cgGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCg < 2:3674723/150‑1 (MQ=255) ggTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTTCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGGTAACATGCCCCCAGCCCGAATGCGCCCCGACTTTactccccacccc > 1:4716849/1‑148 (MQ=255) gcgcTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCg < 1:4510213/150‑1 (MQ=255) cgcTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGt > 2:2764293/1‑150 (MQ=255) gcTCTAACCGCACCCGATCACCCTAACCTGAACCCGCATTCGCGGCCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGAAATGGTCGTGGGTTTCCCCCCAAGGCGTTACCTAGCCCCCGGCCCAATGGAGCCCGGACTTAACTCCCCTCCGCCCCtc > 2:2156092/1‑150 (MQ=255) ctctTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGtct < 2:851583/150‑1 (MQ=255) tACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCACCGCCCGTCTcccc > 2:3739471/1‑150 (MQ=255) cGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCAGGCACCCTGCCCTAAGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGGCTCCCCCGa > 1:262634/1‑150 (MQ=255) gCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGaa > 2:140293/1‑150 (MQ=255) cccTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAagag < 1:5295777/150‑1 (MQ=255) cccTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAagag < 1:469690/150‑1 (MQ=255) 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aTCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAgcggcg < 2:1303764/150‑1 (MQ=255) ccGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACt < 2:2795637/150‑1 (MQ=255) ccGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACt < 2:4432241/150‑1 (MQ=255) cGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTg > 2:1227076/1‑150 (MQ=255) gCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTTCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGGTTCCTTGCACCCAGCCCAAAGGTGCCCCGCCTTTCCACCCCTCCCCCCCGCTCCCCCCAAGAGGACGACGACGCAACCGCGACTGt > 1:5211830/1‑150 (MQ=255) 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ggCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATc < 1:654940/150‑1 (MQ=255) ggCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATc < 2:2983545/150‑1 (MQ=255) ggCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATc < 2:1811441/150‑1 (MQ=255) cACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGc > 2:5143274/1‑150 (MQ=255) cACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGc > 1:5508693/1‑150 (MQ=255) cACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGc > 2:195236/1‑150 (MQ=255) cccTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCa < 2:788798/150‑1 (MQ=255) gCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAgtgt > 1:5367048/1‑150 (MQ=255) gCCCTATGGAGCCCGGACGTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACGGTCTGGTCAGCGTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAgtgt < 2:5493194/150‑1 (MQ=255) cccTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTc < 1:2286479/150‑1 (MQ=255) ccTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTcg < 2:5323429/150‑1 (MQ=255) aTGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCgcgg > 1:3533165/1‑150 (MQ=255) aGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGat < 2:973115/150‑1 (MQ=255) gCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGata < 2:1036543/150‑1 (MQ=255) ccGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATAtt < 1:3903753/150‑1 (MQ=255) ccGGACTGTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATAtt < 2:3867905/150‑1 (MQ=255) gttCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGa < 2:4501850/149‑1 (MQ=255) ttCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGaa < 1:5038473/150‑1 (MQ=255) ctcccctccGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCa < 2:3098073/150‑1 (MQ=255) tcccctccGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCAc > 2:456015/1‑150 (MQ=255) tcccctccGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCAc > 1:3778912/1‑150 (MQ=255) cctccGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGc > 2:3231358/1‑150 (MQ=255) | GCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACTGGTCGTGGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAGCCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTTTGCGCGCCCTTGTCACCCCGCGTTGCGCATTCCAATCGCCAGTGTCGCGGCGATATTACGTGAAGCACGGCA > CP009273/3263746‑3264043 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |