| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,385,516 | A→T | 5.7% | intergenic (‑129/+301) | tldD ← / ← yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,385,516 | 0 | A | T | 5.7% | 852.0 / 3.0 | 327 | intergenic (‑129/+301) | tldD/yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (185/97); new base T (3/26); total (190/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.31e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
ACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTT > CP009273/3385367‑3385665 | aCCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCa < 1:52974/150‑1 (MQ=255) aCCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCa < 1:702517/150‑1 (MQ=255) cAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAAc < 2:4270007/150‑1 (MQ=255) aGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCCGGATTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTAGCATCAGGCAACg > 1:5343853/1‑150 (MQ=255) gTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAActcc > 1:3081536/1‑147 (MQ=255) gTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGc > 1:5194561/1‑150 (MQ=255) gTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGc > 1:1846680/1‑150 (MQ=255) gTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGAGGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGc < 2:4339677/150‑1 (MQ=255) tAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTg > 1:589687/1‑150 (MQ=255) tAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCAGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGAAAAGCGTCGCATCATGCAActgctg > 2:3658814/1‑150 (MQ=37) caaggTTTTTGCTACTCTTTAGTTACTGCAGTAGTGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTAGGT‑TCCGGTTTGTAGGCATGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATg < 2:918317/146‑1 (MQ=21) aTCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATgc > 1:3744251/1‑150 (MQ=255) aTCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATgc > 2:876566/1‑150 (MQ=255) cTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCATCCTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCATTATAATACCAACACCTACCCAAAAGGAAACGCATGACGAATCCGGCTTAAACg > 1:5506241/1‑150 (MQ=21) tACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAATACGAACAGCGTCGCATAAGGCAAAGGCTGTCGGATCCGGCTTAAACGc > 2:1915651/1‑150 (MQ=21) tACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGAACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGAACACGc > 2:3157162/1‑150 (MQ=255) aatctttatttaCTGCAGTAGTGTATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCTTGAACGCCATATCCAGCATACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGAATCAGGAAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGcc < 2:5012554/145‑1 (MQ=18) cTCGTTTGTTCCTGCTGTTGAGGTTTTTTTACGGCTGCGGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTAGGGTTTTGT‑TCCGGTTTTTTGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCt < 2:2519102/150‑1 (MQ=18) 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cTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCACCGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTCTCCGACCTa > 2:674672/1‑150 (MQ=17) tGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAc > 1:4922819/1‑150 (MQ=255) gccgTAGAGGTTTTTTTCCGGCTGCCGGTTGCGGGTTCAACGCCCAATCCAGCATACGGTTAGGT‑TCCGTTTTGTAGGCCTTATAATACGCACAGCTTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACg < 2:1164749/147‑1 (MQ=17) gTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt < 2:4747751/150‑1 (MQ=255) gagGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATg > 1:4062616/1‑150 (MQ=255) 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cTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATCAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACg > 2:2764461/1‑150 (MQ=37) ttttttGT‑TCGGGTGTGTCGCCCTTTTAAGACCCACAGGGGCGAATCAGGACACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGTTTTTTTT‑CCGTTTGTTGGCCTTATAAGACGCACAGCGGGGCATCTGGCAACGGCTg < 2:4631950/145‑1 (MQ=2) ggTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTg > 1:5510301/1‑150 (MQ=37) aTGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCgg > 2:2157665/1‑150 (MQ=37) ccTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCt > 2:5186180/1‑150 (MQ=35) aTAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc > 1:4386780/1‑150 (MQ=37) aTAAGACGCACAGCGGCGAAACAGGAAAGGGCGGTGGGATGGGGCTTAACCGCCTTACCCGA‑CAACGGTTTTTTTCCCGTTTGTTGGCCTTATAAGCCGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc < 2:2167248/150‑1 (MQ=2) gACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt > 1:1999756/1‑66 (MQ=35) aCGCCCCGCGTCGAATCAGGCAACGGCGGTCGTTTGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTACGGTTTTGTT‑CCGTTTGTCGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGAcc < 2:2961747/150‑1 (MQ=11) caGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg > 1:1563240/1‑150 (MQ=37) aGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTATGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt > 1:1918057/1‑150 (MQ=37) gTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCGTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt > 1:4734613/1‑150 (MQ=37) cGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGt > 2:3463164/1‑150 (MQ=37) aTCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc > 1:1060180/1‑150 (MQ=38) cAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGt > 1:1694470/1‑150 (MQ=39) aGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGtt > 1:4167500/1‑150 (MQ=40) aGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCATATCCGACCTACGGTTATGTTCCGtt > 2:4549821/1‑150 (MQ=38) | ACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGT‑TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTT > CP009273/3385367‑3385665 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |