Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,960,036 | G→A | 6.5% | R87H (CGC→CAC) | rho → | transcription termination factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,960,036 | 0 | G | A | 6.5% | 1199.8 / 48.6 | 339 | R87H (CGC→CAC) | rho | transcription termination factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (152/165); new base A (11/11); total (163/176) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 352 total aligned reads displayed.
CATCCTGAAGCAGCACGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAA > CP009273/3959887‑3960185 | cATCCTGAAGCAGCACGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATccg > 2:2306909/1‑150 (MQ=255) cATCCTGAAGCAGCACGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATccg < 2:521544/150‑1 (MQ=255) cTGAAGCAGCACGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGt > 1:3781641/1‑150 (MQ=255) tGAAGCAGCACGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGtt < 1:2468767/150‑1 (MQ=255) gAAGCAGCACGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGttt > 1:1893038/1‑150 (MQ=255) aaGCAGCACGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTc > 2:2496843/1‑150 (MQ=255) agcagcACGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCa < 1:4425838/150‑1 (MQ=255) agcagcACGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCa > 1:92790/1‑150 (MQ=255) gcaCGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCt < 2:1170052/150‑1 (MQ=255) cAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCa < 1:776181/150‑1 (MQ=255) agagTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTg > 2:2127230/1‑150 (MQ=255) gTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTg > 1:2573912/1‑150 (MQ=255) tGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCACCGTTTCAACCTCCGCACTGTTGa > 2:653873/1‑150 (MQ=255) ggCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGAt < 2:14043/150‑1 (MQ=255) cGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATAc < 1:1742559/150‑1 (MQ=255) cGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCACCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATAc > 1:955172/1‑150 (MQ=255) aaGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCa > 2:1627406/1‑150 (MQ=255) aGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCAt > 2:600792/1‑150 (MQ=255) 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tCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTg > 1:2141225/1‑150 (MQ=255) tCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTg > 1:4257410/1‑150 (MQ=255) tttGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGt < 1:4717739/150‑1 (MQ=255) tGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTaa > 1:4626469/1‑150 (MQ=255) gATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGAtt < 2:948127/150‑1 (MQ=255) aTGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTc < 2:2237084/150‑1 (MQ=255) aTGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTc < 2:3601623/150‑1 (MQ=255) aTGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTc < 1:2798561/150‑1 (MQ=255) cGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGTTTcgccc < 1:447867/150‑1 (MQ=255) cGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCACCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTcgccc > 1:3468919/1‑150 (MQ=255) 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atggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCt > 1:1160610/1‑150 (MQ=255) atggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCt < 1:5522091/150‑1 (MQ=255) tggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTa < 1:5392401/150‑1 (MQ=255) gatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTAtt > 2:3304125/1‑150 (MQ=255) gatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTAtt > 1:4174027/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |