| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3179457 = | NA (NA) | 31 (0.170) | 20/270 | NT | 2.0% | intergenic (+9/‑89) | yqiG/insC1 | pseudogene; fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative membrane protein/IS2 repressor TnpA |
| ? | CP009273 | = 3745860 | 1540 (8.210) | coding (509/975 nt) | yiaU | putative DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1738 total aligned reads displayed.
TCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCGGGAGTAA > CP009273/3745713‑3746007 | tCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGATTTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAACGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATA > 2:3246284‑M2/1‑148 (MQ=255)tCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATA < 2:1093686‑M2/148‑1 (MQ=255) ggTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATg < 2:101617/148‑1 (MQ=255) 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cGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATgc > 1:1587812/1‑148 (MQ=255) cGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATgc > 2:2677122/1‑148 (MQ=255) cTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATgcca > 2:781228/1‑148 (MQ=255) aaCCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGccagccag > 2:2531355/1‑148 (MQ=255) ccTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAgcg > 1:3022327/1‑148 (MQ=255) 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tGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATccc > 1:2383330/1‑148 (MQ=255) gCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCa > 1:2485480/1‑148 (MQ=255) ccTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCAt < 1:842975/148‑1 (MQ=255) tttATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAg > 2:1179715/1‑148 (MQ=255) tttATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAg > 2:903044/1‑148 (MQ=255) 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ggTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTgg < 1:1860935/148‑1 (MQ=255) ggTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTgg < 1:2796634/148‑1 (MQ=255) gTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGgc > 1:579658/1‑148 (MQ=255) ttGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGgcg < 1:1264035/148‑1 (MQ=255) aGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCa < 1:3278073/148‑1 (MQ=255) gTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGTCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCaa < 2:3131713/148‑1 (MQ=255) tttATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACg < 2:2278808/148‑1 (MQ=255) attaCCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTTTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCg < 1:2854919/148‑1 (MQ=255) ccAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCggg < 2:1624229/148‑1 (MQ=255) aaTATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCGGGAg > 2:3059959/1‑148 (MQ=255) aaTATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACAACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCGGGAg > 2:2327748/1‑148 (MQ=255) tatGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCGGGAGTa > 2:2046514/1‑148 (MQ=255) | TCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCGGGAGTAA > CP009273/3745713‑3746007 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |