| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3180784 | NA (NA) | 18 (0.100) | 15/272 | NT | 1.2% | pseudogene (5/2445 nt) | yqiG | pseudogene; fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative membrane protein |
| ? | CP009273 | 3745853 = | 1537 (8.190) | coding (502/975 nt) | yiaU | putative DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1723 total aligned reads displayed.
AAAGATATCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCG > CP009273/3745706‑3746000 | aaaGATATCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTttatta < 1:2019430/148‑1 (MQ=255) gATATCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTAccc > 2:3033807/1‑148 (MQ=255) tatCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCaa < 1:1858431/148‑1 (MQ=255) aTCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAAT > 1:2063106‑M2/1‑148 (MQ=255) cGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAatat > 1:301076/1‑148 (MQ=255) ggTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATg < 2:2373434/148‑1 (MQ=255) ggTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATg > 1:3051330/1‑148 (MQ=255) tatCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTa < 2:651719/148‑1 (MQ=255) tatCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTa > 1:1724349/1‑148 (MQ=255) atCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTACTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTaa > 1:3248845/1‑148 (MQ=255) cACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAAcc > 2:563817/1‑148 (MQ=255) aCCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCg > 2:2776750/1‑148 (MQ=255) ccTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGc > 2:1530844/1‑148 (MQ=255) ccTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGc > 1:1320877/1‑148 (MQ=255) ttATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCtt < 1:2763469/148‑1 (MQ=255) tCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATg > 1:1967401/1‑148 (MQ=255) cTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATgcca > 1:2482385/1‑148 (MQ=255) aaaaaCCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATgccagc < 2:1341812/148‑1 (MQ=255) aCCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCcagccagc > 2:772473/1‑148 (MQ=255) ccTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAgcg < 1:2423596/148‑1 (MQ=255) cTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATTTGGGGTAACCGCTTATGCCAGCCAgcgg < 2:1052398/148‑2 (MQ=255) gCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTa > 1:422007/1‑148 (MQ=255) cAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTAt < 1:1671690/148‑1 (MQ=255) 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aGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGaa < 2:1756951/148‑1 (MQ=255) tAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTTATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACAt > 1:2189238/1‑148 (MQ=255) tAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATAgactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaata > 1:3298519‑M2/1‑105 (MQ=255) tAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACAt > 2:2836071/1‑148 (MQ=255) aaTGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATc > 1:368289/1‑148 (MQ=255) 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ccaccaAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATAgactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtctta > 1:1348827‑M2/1‑44 (MQ=255) ccaccaAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCgatgatga < 2:1420225/148‑1 (MQ=255) accaAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATc > 2:2952416/1‑148 (MQ=255) aaaaGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATcgac > 2:850898/1‑148 (MQ=255) aaaGATGAATCGCTGGTTGCCATTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTTTATTTTGATCGACTCGATGATGATcgacg < 1:2846295/148‑1 (MQ=255) aaGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGt > 1:2721054/1‑92 (MQ=255) 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aTCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAat < 2:3124530/148‑1 (MQ=255) tGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTg < 2:1708034/148‑1 (MQ=255) ggTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTgg < 1:3178186/148‑1 (MQ=255) gTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGgc > 2:3228033/1‑148 (MQ=255) ttGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGgcg > 2:2248130/1‑148 (MQ=255) ccAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCtt > 2:165919/1‑148 (MQ=255) aGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCa < 1:763046/148‑1 (MQ=255) tttATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACg < 2:1147653/148‑1 (MQ=255) tttATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACg > 2:1821029/1‑148 (MQ=255) ttattaCCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGt < 1:2588065/148‑1 (MQ=255) taCCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGcc > 2:2208224/1‑148 (MQ=255) | AAAGATATCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCG > CP009273/3745706‑3746000 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |