Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,879,449 | G→T | 100% | S377* (TCA→TAA) | ygcB ← | R‑loop helicase‑annealase Cas3 needed for Cascade anti‑viral activity |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,879,449 | 0 | G | T | 100.0% | 805.7 / ‑6.7 | 244 | S377* (TCA→TAA) | ygcB | R‑loop helicase‑annealase Cas3 needed for Cascade anti‑viral activity |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base T (115/127); total (117/127) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
ATCAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCAATAAGTTTC > CP009273/2879304‑2879592 | aTCAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTaa < 2:3036930/148‑1 (MQ=255) aTCAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTaa > 1:2032936/1‑148 (MQ=255) tCAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAAt > 2:2232469/1‑148 (MQ=255) aaTCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTg > 2:3107579/1‑148 (MQ=255) tCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGcc < 2:1033823/148‑1 (MQ=255) tCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGcc < 1:2743735/148‑1 (MQ=255) cGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCa < 2:461027/148‑1 (MQ=255) cGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCa < 2:3221706/148‑1 (MQ=255) tGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATg < 1:1572689/148‑1 (MQ=255) aaCGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCa > 2:1309957/1‑148 (MQ=255) gATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATa > 2:2591249/1‑148 (MQ=255) aTTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATaa > 1:2623218/1‑148 (MQ=255) aTTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATaa < 2:1203936/148‑1 (MQ=255) aTTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATaa < 2:1428896/148‑1 (MQ=255) aTTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTGTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCGGGGCCGTCAGGGCGGGTGATGTGAGTGAGTGAACGTGGTGGGTAATCCGGGAATTGCCAGGAGCCAGAATaa > 1:2861529/1‑148 (MQ=255) tttGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAg < 1:1476222/148‑1 (MQ=255) ttGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGa < 1:1416207/148‑1 (MQ=255) ttGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGa > 2:2942766/1‑148 (MQ=255) cAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTgg < 1:751899/148‑1 (MQ=255) aGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAATAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTgggg > 1:1019030/1‑148 (MQ=255) gAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGACTAAGATATGGGGa > 1:227811/1‑148 (MQ=255) aaaCACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTACTCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGAt > 1:684805/1‑148 (MQ=255) aaaCACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGAt < 1:1363432/148‑1 (MQ=255) aaaCACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCACTGTTCAGTAATCGCGCGTTATTTTATTGATTGAAAGAGGTGTTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGATTAAGATTTGGGGAt < 1:2430957/148‑1 (MQ=255) acacTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGa > 2:3061602/1‑148 (MQ=255) cacTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGaa > 2:906113/1‑148 (MQ=255) acTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGaaa > 1:240377/1‑148 (MQ=255) tATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTCATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAACATAAGTg > 1:402545/1‑148 (MQ=255) tATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTg > 1:1304331/1‑148 (MQ=255) aTTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTgg > 2:663079/1‑148 (MQ=255) tGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGgct > 1:2989480/1‑148 (MQ=255) cTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGgctcg < 1:2690056/148‑1 (MQ=255) tgtgACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGgctcgcgc < 2:888778/148‑1 (MQ=255) gACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGgcacgcgctcg > 1:2260916/1‑148 (MQ=255) aCAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGgctcgcgctcgc < 2:1892260/148‑1 (MQ=255) cAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGcgctcgct > 2:2845512/1‑148 (MQ=255) cAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGcgctcgct > 1:1217773/1‑148 (MQ=255) aCCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTc < 1:1962451/148‑1 (MQ=255) ccACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTcc < 1:324885/148‑1 (MQ=255) ccACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTcc > 1:524838/1‑148 (MQ=255) cACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCa < 2:3135881/148‑1 (MQ=255) aCTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCAt > 2:3290108/1‑148 (MQ=255) cTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCAtt > 2:2564053/1‑148 (MQ=255) tGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATtc < 1:2950689/148‑1 (MQ=255) gACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATtct > 1:3084345/1‑148 (MQ=255) caacaCTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCg > 1:1124235/1‑148 (MQ=255) cTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTACTCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCAATTCTCGTAagc > 1:3081653/1‑148 (MQ=255) tGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAagca < 2:1626903/148‑1 (MQ=255) aCCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAagcatag > 1:3211476/1‑148 (MQ=255) aCCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAagcatag > 1:2321958/1‑148 (MQ=255) ccACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCAGTCTCGTAagcatagca > 2:1100907/1‑148 (MQ=255) aCGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCAtt < 1:2805892/148‑1 (MQ=255) aCGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCAtt < 2:3282814/148‑1 (MQ=255) cGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTc > 1:2073348/1‑148 (MQ=255) cGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTc > 1:2923563/1‑148 (MQ=255) gCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTcg < 2:1355372/148‑1 (MQ=255) tcttGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAg > 2:1909847/1‑148 (MQ=255) tGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCtt < 1:3304052/148‑1 (MQ=255) ccTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTAGTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTgtgt < 2:1195605/148‑1 (MQ=255) tGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTg > 1:1451872/1‑148 (MQ=255) tCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGa > 2:1626846/1‑148 (MQ=255) cAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAg < 2:753270/148‑1 (MQ=255) gTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAggg > 1:3300894/1‑148 (MQ=255) gTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAggg > 2:2708288/1‑148 (MQ=255) gTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAggg < 2:1255326/148‑1 (MQ=255) tAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGc > 2:1426327/1‑148 (MQ=255) tCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCaaa < 1:1750663/148‑1 (MQ=255) tCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCaaa > 1:1160860/1‑148 (MQ=255) cgcgcgTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCaaaa < 2:957128/148‑1 (MQ=255) cgcgcgTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCaaaa > 1:894586/1‑148 (MQ=255) cgcgcgTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCaaaa < 2:1567839/148‑1 (MQ=255) cgcgcgTGATTTTAGTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCaaaa < 2:2861529/148‑1 (MQ=255) gcgcgTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCaaaaa < 2:2808152/148‑1 (MQ=255) gcgcgTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCaaaaa < 2:2033794/148‑1 (MQ=255) gcgTGATTTTCTTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATa < 2:2291656/148‑1 (MQ=255) gTGATTTTATTGATTGATAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAac < 2:2454270/148‑1 (MQ=255) gTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAac < 2:2555840/148‑1 (MQ=255) aTTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACt > 2:2350477/1‑148 (MQ=255) aTTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACt < 2:1694259/148‑1 (MQ=255) aTTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACt < 2:1693610/148‑1 (MQ=255) ttttATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTa < 2:2100607/148‑1 (MQ=255) ttttATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTa < 1:2591096/148‑1 (MQ=255) ttttATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTa < 1:2591268/148‑1 (MQ=255) tttATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTAt < 2:3302031/148‑1 (MQ=255) tATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATcc > 1:2118308/1‑148 (MQ=255) tgattgcAAGAGGTGGTTAAACCTTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCa < 2:2331025/148‑1 (MQ=255) gattgaAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCaa < 1:262467/148‑1 (MQ=255) ttgaAATAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAAtt < 2:1019030/148‑1 (MQ=255) ttgaAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAAtt > 2:1440431/1‑148 (MQ=255) tgaAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAAttt > 1:1887565/1‑148 (MQ=255) aaGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATttgtt > 2:2778895/1‑148 (MQ=255) aaGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATttgtt < 2:798827/148‑1 (MQ=255) agagGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATttgttg > 2:2873401/1‑148 (MQ=255) agagGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATttgttg < 1:3070413/148‑1 (MQ=255) agagGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAACCCCTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATttgttg < 2:1513212/148‑1 (MQ=255) gagGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGa < 2:1996875/148‑1 (MQ=255) agGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGAt < 2:2603285/148‑1 (MQ=255) gtggtTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCa < 2:1617467/148‑1 (MQ=255) ggtTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCACTTTGTTGATCAAt > 2:2421565/1‑148 (MQ=255) tAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAACATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCAATAAg > 2:2251398/1‑148 (MQ=255) | ATCAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCAATAAGTTTC > CP009273/2879304‑2879592 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |