| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,894,334 | C→A | 8.6% | G128G (GGC→GGA) | yqcE → | MFS transporter family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,894,334 | 0 | C | A | 8.6% | 775.6 / 29.3 | 221 | G128G (GGC→GGA) | yqcE | MFS transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (110/91); new base A (13/6); total (124/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TTCCGCGATGATCATTACCGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCATAGCGAGCAAGGGAAAATTATGGGCTGGATGGAAGGGCTGCGCGGCGTCGGTGTAATGTCGCTGGCGGTGTTTACCATGTGGGTCTTTTCTCGCTTTGCACCGGATGACAGCACCAGCCTGAAAACGGTCATTATCATCTA > CP009273/2894187‑2894480 | ttCCGCGATGATCATTACCGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGc > 2:830515/1‑148 (MQ=255) tCCGCGATGATCATTACCGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCg > 2:52747/1‑148 (MQ=255) gcgATGATCATTACCGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATc < 1:1175801/148‑1 (MQ=255) cgATGATCATTACCGGATTACTGGGTCTGTTAATGGCAACGTATCCACCGCTGTGGGTAATGCTCTGTATTCAGATCGCCTTTGCGATAACGACGATTTTAATGCTGTGGTCGGTGTCGATTAAAGCTGCATCGTTGCTTGGCGATCa > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |