| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,992,861 | C→A | 7.0% | T130T (ACG→ACT) | ygeR ← | LysM domain‑containing M23 family putative peptidase; septation lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,992,861 | 0 | C | A | 7.0% | 739.0 / 19.6 | 199 | T130T (ACG→ACT) | ygeR | LysM domain‑containing M23 family putative peptidase; septation lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (87/98); new base A (6/8); total (93/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
AGATTACCGTAGCCACGCAGCTGGTTGCCCACATACACCACCTTTCCTGCACCCGCGGCGTAAATAGGTGTACCCCGTGGAGCTGAGATATCAATCCCTTTATTGCCGCCATCTGCTGTCGAATACGGCATGATAACTTTCCCTGTCGTTGGCCATAACCAACAACGTTGCCCTACTGGCGGCCAGGATGATTTCGGTACCGCTGATGACGGTGTAACCGATGCGGTTTTGGTCGTTGATTTGGCGGTTGATTTACGTGTAATACTGCTACTTTTCGCCCCACCCAGTTTTAGT > CP009273/2992715‑2993008 | agaTTACCGTAGCCACGCAGCTGGTTGCCCACATACACCACCTTTCCTGCACCCGCGGCGTAAATAGGTGTACCCCGTGGAGCTGAGATATCAATCCCTTTATTGCCGCCATCTGCTGTCGAATACGGCATGATAACTTTCCCTGTCg > 1:2280638/1‑148 (MQ=255)agaTTACCGTAGCCACGCAGCTGGTTGCCCACATACACCACCTTTCCTGCACCCGCGGCGTAAATAGGTGTACCCCGTGGAGCTGAGATATCAATCCCTTTATTGCCGCCATCTGCTGTCGAATACGGCATGATAACTTTCCCTGTCg > 1:619192/1‑148 (MQ=255)agaTTACCGTAGCCACGCAGCTGGTTGCCCACATACACCACCTTTCCTGCACCCGCGGCGTAAATAGGTGTACCCCGTGGAGCTGAGATATCAATCCCTTTATTGCCGCCATCTGCTGTCGAATACGGCATGATAACTTTCCCTGTCg > 1:1125394/1‑148 (MQ=255) aTTACCGTAGCCACGCAGCTGGTTGCCCACATACACCACCTTTCCTGCACCCGCGGCGTAAATAGGTGTACCCCGTGGAGCTGAGATATCAATCCCTTTATTGCCGCCATCTGCTGTCGAATACGGCATGATAACTTTCCCTGTCGtt < 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cacaTACACCACCTTTCCTGCACCCGCGGCGTAAATAGGTGTACCCCGTGGAGCTGAGATATCAATCCCTTTATTGCCGCCATCTGCTGTCGAATACGGCATGATAACTTTCCCTGTCGTTGGCCATAACCAACAACGTTGCCCTACt < 2:2331203/148‑1 (MQ=255) acacCACCTTTCCTGCACCCGCGTCGTATATAGGTGTACCCCGTGGAGCTGAGATATCAATCCCTTTATTGCCGCCATCTGCTGTCGAATACGGCATGATAACTTTCCCTGTCGTTGTCCATAACCAACAACGTTGCCCTACTggcgg < 2:159026/148‑1 (MQ=255) acacCACCTTTCCTGCACCCGCGGCGTAAATAGGTGTACCCCGTGGAGCTGAGATATCAATCCCTTTATTGCCGCCATCTGCTGTCGAATACGGCATGATAACTTTCCCTGTCGTTGGCCATAACCAACAACGTTGCCCTACTggcgg > 1:255392/1‑148 (MQ=255) caccacCTTTCCTGCACCCGCGGCGTAAATAGGTGTACCCCGTGGAGCTGAGATATCAATCCCTTTATTGCCGCCATCTGCTGTCGAATACGGCATGATAACTTTCCCTGTCGTTGGCCATAACCAACCACGTTGCCCTACAggcggc > 1:1589265/1‑148 (MQ=255) caccacCTGTCCTGCACCCGCGGCGTAAATAGGTGTACCCCGTGGAGCTGAGATATCAATCCCTTTATTGCCGCCATCTGCTGTCGAATACGGCATGATAACTTTCCCTGTCGTTGGCCATAACCAACAACGTTGCCCTACTggcggc < 1:88928/148‑1 (MQ=255) 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cGTTGGCCATAACCAACAACGTTGCCCTACTGGCGGCCAGGATGATTTCGGTACCGCTGATGACGGTGTAACCGATGCGGTTTTGGTCGTTGATTTGGCGGTTGATTTACGTGTAATACTGCTACTTTTCGCCCCACCCAGTTTTAGt < 1:316317/148‑1 (MQ=255) | AGATTACCGTAGCCACGCAGCTGGTTGCCCACATACACCACCTTTCCTGCACCCGCGGCGTAAATAGGTGTACCCCGTGGAGCTGAGATATCAATCCCTTTATTGCCGCCATCTGCTGTCGAATACGGCATGATAACTTTCCCTGTCGTTGGCCATAACCAACAACGTTGCCCTACTGGCGGCCAGGATGATTTCGGTACCGCTGATGACGGTGTAACCGATGCGGTTTTGGTCGTTGATTTGGCGGTTGATTTACGTGTAATACTGCTACTTTTCGCCCCACCCAGTTTTAGT > CP009273/2992715‑2993008 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |